Методы агроэкономического обоснования и оценки системы севооборотов сводятся к оценке каждого севооборота и всей системы севооборотов по выходу продукции на единицу севооборотной площади, выраженной в сопоставимых величинах: в зерновых, кормовых, кормопротеиновых, энергетических, денежных единицах.
Такая оценка базируется на данных по выходу со 100 га севооборотной площади конкретной натуральной продукции: зерна, семян, корнеплодов, зеленой массы, сена, льноволокна и т. п. с качественными показателями этой продукции — содержание белка и клейковины в зерне, сахара и крахмала в корнеклубнеплодах, протеина — в кормах и т. д.
В дополнение к этому используются чисто экономические показатели — уровень производственных затрат на 1 га посевов и на единицу продукции, чистый доход, себестоимость продукции, рентабельность производства с учетом рыночных цен и другие.
Агроэкономическая оценка системы севооборотов дополняется агроэкологической, которая сводится, прежде всего, к выявлению почвозащитной функции каждого севооборота и всей системы севооборотов, а также к выявлению их роли в воспроизводстве плодородия почвы.
При агроэкологической оценке сельскохозяйственных культур учитывается прямое воздействие биологии и технология их возделывания на физические, химические и биологические свойства в процессе роста и развития растений, так и с последействием растительных остатков, количество которых определяет величину и направленность биохимических процессов превращения органического вещества. И это прежде всего относится к главному показателю плодородия почвы — содержанию в ней гумуса, к его динамике.
После возделывания сельскохозяйственных культур в почве остается различное количество растительных остатков, имеющих разный химический состав, степень минерализации и гумификации, что оказывает существенное влияние на баланс органического вещества в почве.
Установлено, многолетние травы играют большую положительную роль и в регулировании гумусового баланса почвы. В севооборотах, структура которых на 40-50% состоит из многолетних трав, часто устанавливается бездефицитный баланс гумуса, особенно если многолетние травы дают стабильно высокие урожаи и их роль в поддержании бездефицитного баланса гумуса подкрепляется зеленым удобрением, удобрением соломой и другими способами обогащения почвы органическим веществом. Значительное количество растительных остатков в почве оставляют озимые и некоторые другие культуры, но их роль в поддержании положительного гумусового баланса проявляется лишь на определенном уровне органических удобрений.
Пропашные культуры, как и чистый пар, способствуют интенсивной минерализации органического вещества почвы, что при недостатке органических удобрений приводит к быстрому истощению запасов гумуса в почве.