Разрешению вопросов палеоэкологии очень способствует актуалистический метод исследований.
Большая значимость этого метода для палеонтологии, притом не только в его прежнем, более узком использовании, когда ныне живущие организмы привлекались ради лучшего понимания их ископаемых родичей, было должным образом оценено Р. Рихтером (1928). Он выделил особое направление в палеонтологии актуопалеонтологию, содержанием которой является познание условий образования в настоящее время «документов», с которыми палеонтолог может встретиться в геологическом прошлом. Первым целеустремленным мероприятием в области актуопалеонтологии было учреждение специальной морской станции, на которой начали проводить очень тщательные планомерные наблюдения жизни и, в особенности, наблюдения закономерностей захоронения органических остатков на литорали и в мелководной полосе Северного моря; одновременно здесь были поставлены наблюдения над условиями образования морских осадков, что могло пролить свет на условия образования таких же осадков в геологическом прошлом (актуогеологические исследования, по Р. Рихтеру).
Наши возможности в этом отношении значительно больше, однако советскими палеонтологами они почти совершенно не используются. Территория СССР граничит с 11 морями. На побережьях некоторых из них мы имеем морские биологические станции: Мурманскую на берегу Баренцова моря, Севастопольскую и Карадагскую на Черном море, существуют также Байкальская и другие биологические станции с целой флотилией исследовательских судов, в том числе с судном «Витязь», оборудованным для океанологических исследований по последнему слову техники. Советским палеонтологам необходимо знакомиться на этих станциях и во время рейсов судов с жизнью в современных бассейнах и собирать сравнительный материал для палеоэкологических исследований.
Изучение живущих ныне животных и растений в экологическом разрезе должно сочетаться с тщательным изучением субстрата, на котором они обитают, других факторов среды, а также с исследованием процессов разрушения остатков организмов и особенностей их захоронения.
При проведении палеоэкологом подобных работ выиграет не только разрабатываемая ими область знаний, но обогатится наблюдениями и обобщениями также наука о ныне живущих организмах. Дело в том, что палеонтолога интересует очень многое; например, его интересуют следы, оставляемые животными на морском дне, их экскременты и т. п., на которые зоологи, работая с живыми организмами, обращают недостаточно внимания.
Однако при работе актуалистическим методом недопустимо непосредственное перенесение результатов наблюдений над современными организмами на родственные им вымершие формы, так как условия обитания тех и других могли быть в чем-то различны; то же необходимо сказать об образе их жизни. Попутно необходимо отметить, что экология современных организмов изучена пока неполно, а накопленные данные часто оказываются несведенными. Вследствие этого палеоэкологу, желающему использовать сведения об экологии ныне живущих форм, приходится предварительно обобщать данные, разбросанные в литературе.
Знакомясь с литературой по ныне живущим формам, а также проводя над ними наблюдения, палеоэколог может сделать вклад в неоэкологию по вопросам возникновения приспособлений и другим вопросам, использовав свои знания по вымершим организмам.
Большое значение для палеоэколога имеет также знакомство с данными биогеографии (зоогеографии и фитогеографии). Соответствующие разделы в области палеонтологии разработаны еще очень мало, однако они очень важны и ждут своих исследователей.
Чем древнее организмы, с которыми имеет дело палеонтолог, тем труднее ему пользоваться данными о ныне живущих организмах для выяснения экологии ископаемых. Если использование ныне живущих форм вполне возможно при изучении фауны и флоры кайнозоя и еще допустимо для части групп организмов мезозоя, то актуалистический метод мало применим при изучении животных и растений палеозоя. Однако здесь на помощь палеоэкологу приходит явление «викариата во времени». Оно должно направить его поиски не на родственные формы, а на формы, построенные аналогично, конвергентно вследствие обитания в сходных условиях и сходного образа жизни. Этот плодотворный метод работы используется еще в очень малой степени. Мы можем сравнивать, например, нижнекарбоновых крупных продуктид из рода Gigantoproduclus с мезозойскими и кайнозойскими устрицами. И те и другие вели неподвижный образ жизни на дне моря в полосе мелкой, подвижной воды; они образовывали здесь банки и обладали очень сходными по своей форме крупными раковинами, которые имели вид сосуда, состоящего из чашки с крышкой. Другой представитель продуктид — верхнедевонский род Irboskites, прираставший к скалистому дну, галькам или раковинам других беспозвоночных в условиях сильно подвижной воды, — обнаруживает в форме раковины конвергентные черты с усоногим рачком Batanus современных и более древних морей, который обитает и обитал в аналогичных условиях.
Экологические особенности некоторых ископаемых форм, не имеющих родственных форм или ярких аналогий среди современных, поддаются выявлению с большим трудом; в таких случаях особенное значение приобретает морфо-функциональный анализ их скелетных остатков. Следует также обращаться и к другим компонентам изучаемого палеобиоценоза, легче поддающимся палеоэкологическому анализу; они помогут выявить палеоэкологические особенности трудных форм, так как на тех и других может лежать одна и та же «печать среды».