Все вышесказанное относится к анализу наследования признаков, когда гибриды F1 скрещиваются между собой.
Однако для генетического анализа может быть использован и другой тип скрещивания — скрещивание гибрида с одной из родительских форм, несущей данную пару аллелей в гомозиготном состоянии. Такое скрещивание гибрида первого поколения с формой, несущей данную пару аллелей (доминантных или рецессивных) в гомозиготном состоянии, называют возвратным скрещиванием, или беккроссом (обозначается Fв); его можно записать следующим образом: Аа х АА или Аа х аа. Эти два скрещивания имеют неодинаковую ценность для генетического анализа и практики селекции.
Очевидно, возвратное скрещивание гибрида F1(Aa) с родительской формой, гомозиготной по доминантной аллели (АА), даст однотипное по внешнему виду потомство. Все гаметы родительской формы будут нести доминантную аллель А, а у гибрида образуются гаметы двух сортов — с аллелями А и а. Поэтому в результате случайного сочетания этих гамет при оплодотворении в потомстве от такого скрещивания имеет место расщепление по генотипу в отношении 2Аа : 2АА, или 1 : 1, в то время как расщепления по фенотипу не произойдет (1:0).
Значительно больший интерес для генетического анализа представляет скрещивание гибрида F1(Aa) с формой, гомозиготной по рецессивному гену, т. е. с формой аа. Поскольку все гаметы этой формы несут рецессивную аллель, характер расщепления в потомстве по фенотипу будет соответствовать качеству гамет гибридного организма. В результате расщепление по гену окраски цветков окажется в отношении 1Аа : 1аа. По характеру расщепления в потомстве от такого скрещивания АаХаа можно проанализировать наследственную структуру гибрида по данному гену. Отсюда и скрещивание гибридного организма с исходной формой, гомозиготной по рецессивному гену, получило название анализирующего скрещивания.
Совпадение полученных данных с теоретически ожидаемыми в анализирующем скрещивании служит одним из прямых доказательств равного образования двух сортов гамет. Данным скрещиванием для указанной цели и воспользовался Мендель. С помощью этого метода можно проверить гетерозиготность организма по изучаемой паре генов из любого поколения F1, F2, F3, F4 и т. д. Как будет видно из дальнейшего, подобное скрещивание является очень важным приемом генетического анализа сложных гибридов.