Анатомическое строение семени укропа аналогично таковому у других представителей семейства зонтичных. Перикарпий (околоплодник) состоит из 5—9 рядов паренхимных клеток.
Клетки эпикарпия или наружного эпидермиса мелкие, обычно изодиаметричной формы. Эфиромасличные каналы находятся в мезокарпии и часто окружены одним слоем клеток. Удлиненные клетки внутренних слоев мезокарпия граничат с эндокарпием. Эндокарпий, или внутренний эпидермис, состоит также из удлиненных клеток. Зародыш укропа мелкий, погружен в хорошо развитый эндосперм.
Число эфиромасличных ходов, их размер и отчасти их форма варьируют в зависимости от сортов укропа. В семени укропа площадь просвета эфиромасличного канала, как правило, больше на наружной стороне плода (910х820 мкм) и меньше на его внутренней стороне (380х100 мкм). Наибольшая площадь просвета обнаружена в семенах укропа из Египта (1210х1300 мкм). У большинства сортов укропа в семени насчитывается 6 эфиромасличных каналов. Только в семенах укропа из Непала обычно образуется 8 каналов, хотя иногда может быть и 6. Кроме того, в семенах укропа из Непала отдельные эфиромасличные каналы оказываются разделенными перегородками, что ранее отмечалось для других зонтичных.