У лишайников выделяют два основных типа слоевищ: гомеомерный и гетеромерный.
Гомеомерное строение слоевища встречается у более 100 видов. В таких лишайниках гифы гриба и водоросль равномерно распределены в слоевище. Внешне такие лишайники в сухом состоянии похожи на черноватые корочки, которые при набухании становятся слизистыми. Фотобионтом являются цианобактерии. Встречаются, например, на камнях, скалах, основаниях стволов деревьев, на почве среди мхов.
Гетеромерное строение лишайников распространено довольно широко. Различают верхнюю и нижнюю кору, состоящую из плотно соединенных гиф гриба, водорослевый слой, сердцевину и структуры, способствующие прикреплению к субстрату.
Коровой слой выполняет защитную и механическую функции. Благодаря коре лишайники могут быстро впитывать влагу из окружающей среды и быстро высыхать. Через кору осуществляется газообмен, так как в ней есть участки с рыхло расположенными гифами, простые поры и щели. У высокоспециализированных лишайников имеются особые структуры (цифеллы и псевдоцифеллы) для осуществления газообмена и транспирации.
В середине слоевища слабоветвистые гифы расположены рыхло и образуют сердцевину. Значение этого слоя — проведение воздуха к клеткам водорослей. В слоевище более или менее четко выделяется зона водорослей, где осуществляется фотосинтез.
Иногда в составе лишайника могут быть два вида водорослей. Например, в зоне водорослей обитает зеленая водоросль, а вторичный фотобионт, цианобактерии, находится в особых образованиях — цефалодиях. Чаще всего они бывают внешними и выглядят как небольшие комочки, шарики черного цвета на поверхности таллома. Так, у пельтигеры пупырчатой (Peltigera aphthosa), кроме зеленых водорослей, в состав лишайника входит цианобактерия — носток (Nostoc punctiformis), обитающий в цефалодиях.
Под сердцевиной может быть нижняя кора. У лишайников, плотно прижатых к субстрату, нижняя кора не развивается.
Прикрепление лишайников к субстрату возможно с помощью ризоидов, ризин, гомфа.
Ризоиды имеют нитчатую структуру и отходят от нижней коры. Каждый ризоид берет начало от одной клетки.
Ризины образованы гифами нижней коры в совокупности с гифами сердцевины. Поэтому у ризин снаружи находятся гифы коры, а внутри — гифы сердцевины.
Гомф — короткая ножка, обычно отходящая от центра слоевища, образованная гифами коры и сердцевины. Гифы имеют толстую оболочку.