Специфические особенности микроорганизмов — величина, строение, быстрота размножения, устойчивость и чрезвычайно развитая способность приспособляться к различным условиям — способствуют их широкому распространению. Присутствие в воздухе, воде и особенно в почве самых различных бактерий, вызывающих разнообразные биохимические процессы, а также способных вызывать опасные заболевания — общеизвестно.
Растение своей корневой системой и наземными частями соприкасается с почвой, воздухом или водой, и поэтому присутствие бактерий на его поверхности неминуемо. Состав такой поверхностной микрофлоры довольно разнообразен и носит обычно непостоянный характер; однако помимо бактерий, встречающихся в почве и воде, можно обнаружить и более специальные формы.
Бурри, затем Дюггели исследовали микрофлору многих видов здоровых растений и установили на их поверхности большое количество бактерий. Распространенность на многих растениях большого количества некоторых бактерий в активном состоянии не позволяет принимать их за загрязнение, а указывает на способность этих бактерий — «эпифитов» существовать и развиваться на поверхности растения в условиях недостаточной влажности и питания. Наиболее часто встречались: желтая, подвижная палочка, названная Bact. herbicola aureum и другая близкая к Bact. mesentericus aureus (Winkler); затем флоуресцирующая палочка, тождественная Bact. fluorescens (Fliigge), Bact. putidurn (Fliigge) L. u. N.; реже были найдены Bact. herbicola rubrum, окрашивающая картофель в красный цвет, Bacil. mesentericus, Bacil. megatherium и Bact. coli.
Большое количество бактерий на поверхности листьев некоторых огородных растений отметил также Поттер. В последнее время Гюттиг установил на зеленых растениях присутствие Bact. fluorescens liquefaciens, а Веллер подтвердил данные предыдущих исследований, с тою лишь разницей, что кроме некоторых спороносных палочек и Bact. herbicola им также найдены Bact. acidi lactici, Micrococcus lactis acidi, Bact punctatum. Присутствие молочнокислых бактерий было установлено также Дегером на поверхности некоторых кормовых трав, а Кейпером, Фредом и Петерсоном на капусте, где ими помимо этих бактерий еще найдены пигментные бактерии, дрожжи и кишечная палочка (Bact. coli). Группа Bact. coli aerogenes и близкие ей виды обнаружены в большом количестве на растениях также Рушманом и Мейером. Bact. coli aerogenes встречается по Минкевичу на распустившихся цветах растений, посещаемых насекомыми, особенно пчелами, и редко наблюдается на других наземных частях растений. По мнению Веллера эпифитная флора, состоящая из неприхотливых организмов почвы и воздуха довольствуется немногими питательными веществами, находящимися на поверхности растения, в то время как другие многочисленные бактерии почвы и воздуха на зеленых частях растения развиваться не в состоянии.
Если присутствие бактерий на поверхности растений является доказанным, то возникает вопрос, могут ли бактерии проникать из окружающей среды в ткани здорового неповрежденного растения и там размножаться?
Бешан, Гальер и другие ошибочно принимали некоторые элементы клеточного содержимого за организованные тела внутри клеток, и поэтому давно высказанное ими мнение о присутствии бактерии внутри клеток растения должно быть в настоящее время оставлено. Позднее в тканях здоровых растений лишь Галиппом были найдены бактерии, что, впрочем, впоследствии было опровергнуто работами Фернбаха и Ди Веста. Затем Пастер, Шамберлан, Бухнер, Леман, Лоран, Руссель и наконец Гильтнер показали, что при условии стерильности опыта, ткани здорового растения внутри свободны от микроорганизмов. В последнее время это подтверждено также Веллером. Таким образом, несмотря на постоянное присутствие на поверхности здорового растения большого количества бактерий, проникание их во внутренние ткани не наблюдается. До известной степени это находит себе объяснение в анатомическом строении самого растения.