Возбудитель — бактерия Clostridium macerans Schard. Болезнь встречается только на гумусных или сильно уплотненных почвах при избыточном известковании.
На всходах бактериоз характеризуется 2 типами симптомов. При первом типе кончики корня покрываются пятнами, корни утончаются и отмирают.
На подсемядольном колене и семядольных листьях образуются язвы, ранки и перетяжки розового и оранжевого цвета. При втором типе концы корней утолщаются, вследствие чего они перестают расти и отмирают. Точка роста также отмирает. Растения задерживаются в росте и, как правило, погибают.
Взрослые растения поражаются бактериозом обычно в период бутонизация — цветение. Прекращается рост стебля, верхняя часть его желтеет, делается курчавой. Верхние листья приобретают медно-красный цвет. Растения погибают или не образуют коробочек. Иногда при засыхании верхушки появляются новые боковые ветви, которые могут плодоносить, но семена формируются мелкие, щуплые, с пониженной всхожестью.
Возбудитель сохраняется в почве и семенах. Из почвы бактерии проникают через корневой чехлик, а в стеблях распространяются по сосудам. Развитию бактериоза способствуют внесение повышенных доз извести, изреженный посев, недостаток бора.
Из менее распространенных болезней, поражающих лен, следует отметить следующие.
Корневые гнили — вызываются грибами Thielaviopsis bassicola Ferr., Rhizoctonia solani Kuchn.
Аскохитоз. Возбудитель — Ascochyta linicola Naum. et Vass. Симптомы: пятнистость листьев, стеблей, коробочек.
Фомоз. Вызывает болезнь гриб Phoma exigua f. linicola. Симптомы: на стеблях и коробочках прозрачные, бурые, слегка вдавленные пятна.
Мучнистая роса. Возбудитель-гриб Erysiphe cichoracearum D. С. f. lini jacz. Поражает молодые зеленые органы льна после периода повышенной температуры.
Серая гниль. Возбудитель — Botrytis cinerea Pers. Лен заболевает во время вегетации и во время вылежки на стилшцах.
Белая гниль. Возбудитель — гриб Sclerotinia sclerotiorum d By. Поражает растения в конце вегетации во влажную погоду, особенно посевы, ослабленные предыдущей засухой.
Льняная повилика — Cuscuta epilinum Weihe. Этот цветковый паразит распространен во всех льносеющих районах. Кроме льна, может паразитировать и на ряде других растений. Морфологические и биологические особенности, цикл развития схожи с клеверной повиликой.