Сущность различия между искусственным и естественным отбором состоит в том, что первый, в основном, идет через выбор человеком наилучших форм, тогда как второй осуществляется путем истребления менее приспособленных.
Таким образом, искусственный отбор есть позитивный, а естественный отбор — негативный процесс. — Эти различия имеют, конечно, качественный характер, и на них строились некоторые возражения против дарвинизма. Указывалось, что в таком случае искусственный отбор не может служить отправным моментом для теории естественного отбора. Возражение это не верно. Механизмы процессов искусственного и естественного отбора все же параллельны. Дарвин предложил весьма четкое и методологически правильное доказательство в пользу полной правомерности связывания учений об искусственном и естественном отборе в целостную теорию эволюции. Он указал, что естественный отбор, под влиянием деятельности человека, переходит в искусственный отбор. Таким связующим звеном является бессознательный отбор — особая форма отбора, производимого человеком на первых ступенях его культурного развития.
Под бессознательным отбором Дарвин понимал «сохранение человеком наиболее ценных особей и уничтожение наименее ценных, помимо сознательного намерения изменить породу», — следовательно, внеплановый отбор, который можно противопоставить плановому, целенаправленному, или методическому отбору. Бессознательный отбор, по Дарвину, сплошь и рядом протекал и протекает совершенно подобно естественному, т. е. путем истребления неудовлетворительных особей, следовательно, в негативных формах. Примером может служить выпалывание неправящихся растений садовниками или уничтожение неудовлетворяющих животных. Дарвин приводит интереснейший пример из истории инков. Инки устраивали большие охоты, сгоняли диких животных в центральный пункт и убивали всех старых самцов и самок гуанако, вигоней и оленей, а молодых и здоровых отпускали на волю. Такой метод, по существу, совершенно аналогичен естественному отбору. Дарвин указывает также, что исторически эти негативные формы отбора переходили в позитивные, когда отбор понемногу превращался в плановый методический, идущий путем выбора конкретных форм. Таким образом, естественный отбор связан с бессознательным, а последний переходит в методический, почему границы между ними совершенно относительны. Важно также подчеркнуть указания Дарвина на то, что и в настоящее время искусственный и естественный отбор всегда воздействуют на культурные формы одновременно. Например, плотное телосложение бойцовых петухов, их крепкое и густое оперение, играющее роль кольчуги, их острые, низко посаженные шпоры, массивный клюв, смелость и т. п. — все эти признаки отбирались не только человеком, но и в петушиных боях, где более сильные, лучше вооруженные и лучше защищенные особи, убивая своих соперников, оставляли лучшее потомство.
Мы видим, что грани между искусственным и естественным отбором стираются и обе формы отбора выявляются, как аналогичные факторы эволюционного преобразования живых форм. Эти данные Дарвина служат весьма существенным косвенным доказательством в пользу теории естественного отбора и вместе с тем имеют (о чем говорится дальше) огромное практические значение.