Биологический метод основан на использовании в борьбе с вредителями патогенных бактерий и грибов, хищных и паразитических насекомых, птиц.
Микробиологический метод применяется для борьбы с вредными грызунами и насекомыми. Против полевок, степной пеструшки, мышей и крыс эффективны бактерии рода Salmonella — возбудители болезней тифа мышевидных грызунов. Чаще всего используются бактерии Исаченко (Sal. decumanicidum), открытая Б. Л. Исаченко в 1897 г. во время эпизоотии среди серых крыс в Петербурге, и бактерия № 5170, полученная М. И. Прохоровым (1953 г.) в экспериментальных условиях. Бактерии имеют вид коротких палочек с закругленными концами, длиной 1 —1,5 микрона, которые подвижны благодаря наличию вокруг тела жгутиков.
Бактериальные препараты хорошо поедаются грызунами, болезнь развивается у них постепенно, смерть наступает через 4—15 суток. Бактериальные приманки применяют в борьбе с мышевидными грызунами на полях, в парниках, скирдах, хранилищах и на животноводческих фермах.
Для борьбы с вредными насекомыми широкое применение получил препарат энтобактерин, который эффективен против более 50 видов листогрызущих вредителей овощных, плодовых культур и парковых насаждений. Энтобактерин представляет собой светлосерый смачивающийся порошок, состоящий из спор бактерии Baciihis thuringiensis var. gaileriae, белковых высокотоксичных кристаллов и инертного наполнителя. Эффективность препарата может быть повышена добавлением к 0,1% суспензии энтобактерина 0,01% хлорофоса.
Из патогенных грибов класса гифомицетов выделен для борьбы с вредными насекомыми гриб Beau vena bassiana, вызывающий болезнь белую мюскардину среди многих видов насекомых. У пораженных насекомых проявляются характерные симптомы заболевания: на мягких тканях видны темные пятна, наблюдается мумификация тела, на поверхности прорастает мицелий с конидиальным налетом белого цвета.
Для борьбы с колорадским жуком на картофеле применяют препарат боверин, представляющий собой порошок серого цвета, в 1 г которого содержится 3 млрд. спор гриба.
Применение энтомофагов — насекомых, поедающих других насекомых. Из энтомофагов широко применяется яйцеед-трихограмма, способная заражать яйца более 80 видов бабочек. Наиболее распространенный вид среди яйцеедов Trichogramma evanescens Weshv. относится к отряду перепончатокрылых. Это очень мелкое насекомое (0,4—0,9 мм) с окраской тела от светло-бурой до черной.
Самка откладывает в среднем 40—50 яиц, преимущественно на яйца совок, плодожорок, листоверток. Зараженные яйца приобретают черный цвет и легко отличаются от здоровых. Развитие трихограммы проходит внутри яйца насекомого-хозяина в течение 9—12 дней. В одном яйце живет от 1 до 4 личинок. Закончив питание, личинки окукливаются. Взрослое насекомое прогрызает оболочку яйца и выходит наружу, вскоре после вылета приступает к откладке яиц, питается нектаром цветов.
В течение года развивается разное количество поколений в зависимости от климатических условий: в Ленинградской области — 3—4, на Украине — 9, в Краснодарском крае — 13—14. Зимует личинка внутри яйца насекомого-хозяина.
Трихограмма легко разводится в лабораторных условиях. Специальные хорошо оснащенные биологические лаборатории размножают ее в массовом количестве.
Другой распространенный яйцеед — теленомус является основным истребителем клопов-черепашек. Зимует во взрослом состоянии под корой различных деревьев, а весной перелетает на посевы зерновых культур, где заражает яйца черепашки. За период яйцекладки черепашки, продолжающийся 30—50 дней, успевает развиться три поколения теленомусов.
Для сохранения полезных насекомых необходимо подбирать такие сроки химической защиты растений, которые эффективны против вредителей и безопасны для полезной фауны. Например, опрыскивание посевов наиболее эффективно против черепашки в. начале отрождения личинок, когда теленомусы находятся в неуязвимой фазе яйца — то есть внутри яиц, отложенных клопами на растения. Запоздавшее опрыскивание дает меньшую эффективность против вредителя и более опасно для энтомофагов.
В уничтожении сусликов и мышевидных грызунов важную роль играют позвоночные хищники (лисица, ласка, хорь) и птицы (коршун, степной орел, лунь, сова, канюк, ворон).
В большом количестве истребляют вредных насекомых птицы: саранчовых — розовый скворец; гусениц зерновой совки и озимой совки — грачи, вороны, скворцы, жаворонки; проволочников — грачи и скворцы; зимующих в лесу хлебных клопов — синицы и сороки.
Необходимо всячески охранять птиц, расставлять искусственные гнезда.
К биологическому методу борьбы можно отнести половую стерилизацию вредных насекомых. На специальных предприятиях готовят стерилизованных самцов и выпускают их в природу. После спаривания с такими самцами самки откладывают неоплодотворенные яйца.