Период цветения растений С. intybus L. растянут, хотя цветение одного цветка и корзинки в целом не превышало 6 ч. В летний период при 19…20°С венчик развертывается в 4—5 ч утра, в это время тычинки плотно прижаты к венчику.
Через час тычинки отделяются от венчика, пестик находится внутри тычинок. В 7 ч пестик появляется из тычиночной трубки, лопасти его сомкнуты. После того как лопнули пыльники, рыльце, обмазанное пыльцой, выходит наружу. Оно раскрыто и готово к опылению. После опыления насекомыми и прорастания пыльцы венчик белеет, рыльце свертывается. Затем свертывается и венчик. К вечеру пестик и тычинки чернеют, обвертки корзинок закрываются. Жизнеспособность пыльцы не превышает 1—3 суток.
При благоприятных условиях опыления (19…20°С) через 30 мин пыльцевая трубка достигает зародышевого мешка. Через 1 ч 30 мин происходит двойное оплодотворение, через 2 ч начинается первое деление центрального ядра зародышевого мешка, а через 3 ч 30 мин — первое деление зиготы. Т. Д. Богомолова отмечает, что большое влияние на процесс оплодотворения и образование зародыша оказывают температурные условия. В менее благоприятных условиях августа, при температуре 16…17°С, названные выше процессы протекают медленнее, на 1—2 ч. А в сентябре (при 12… 14°С) опыление и оплодотворение происходит только в единичных цветках соцветия. Оплодотворение сильно замедляется (происходит только через 7 ч после опыления) и иногда не завершается. В результате образуется много пустых семянок.
Строение цветка С. intybus и механизм опыления не препятствуют попаданию пыльцы на рыльце и опылению своей пыльцой. Однако, как показывают наблюдения, при искусственной изоляции одного растения или единичных корзинок семена или не завязываются, или процент завязавшихся семян очень низкий.
Явление самостерильности у С. intybus описал еще в 1918 г. А. В. Stout. В пределах одного сорта степень самонесовместимости у растений различна, и в потомстве самофертильных растений появляются растения самостерильные. Не было обнаружено зависимости между степенью самонесовместимости и морфологическими признаками, такими, как окраска цветка, тип ветвления растения, форма листа и др. Степень самостерильности не зависела также от вегетативной мощности растения и от потенциальной репродуктивной (количества цветков на растении).
Явление самонесовместимости у данного вида цикория отмечено рядом исследователей.
Различия по степени самонесовместимости существуют как внутри сортовой популяции, так и между популяциями. Самонесовместимость у этого вида спорофитного типа.
Механизм самонесовместимости проявляется в период взаимодействия между пыльцой и поверхностью рыльца и контролируется группой доминантных аллелей. Так как самосовместимость в пределах сорта различна, путем отбора возможно повысить ее или, наоборот, увеличить степень самонесовместимости, получить полностью самостерильные линии. Возможно, оплодотворение нескольких цветков в пределах корзинки влечет далее партенокарпию в других цветках соцветия.
У С. endivia L. вопросы биологии цветения и оплодотворения изучены в меньшей степени в сравнении с С. intybus L.
Наблюдения показали, что для цветков С. endivia характерна протоандрия. Однако самонесовместимости, как правило, не наблюдается, или она редко выражена в разной степени у отдельных растений. R. Tesi, отмечающий низкую (обычно ниже 50%) семенную продуктивность у С. endivia var. latifolium Hegi, указывает, что это явление обусловлено абортивностью эмбриона и образованием большого числа партено-карпических плодов. Наивысшую фертильность имели обычно растения, образующие значительное число соцветий и имеющие наибольшую пыльцевую продуктивность.