Точка зрения, приравнивавшая клетку к целому сложному организму, изменила общий подход и к ее изучению.
Гистология становится наукой не только о своеобразной клеточной структуре органов и ткани живых существ. Ее содержание с этого времени определяется прежде всего как изучение формы и функций элементарных организмов (клеток), а также из взаимоотношений в тканях и органах. Именно такова была наиболее распространенная точка зрения, установившаяся в последнюю четверть XIX в. Она особенно ясно была сформулирована французским гистологом Жаном Батистом Карнуа (1836—1899), который ввел в соответствии со сказанным в употребление понятие биологии клетки. Его книга как раз и носит заглавие «Биология клетки». В ней отведено много места обоснованию задач микроскопического исследования. Он отмечал, что слово «биология», введенное в 1802 г. Готфридом Тревиранусом (1776—1837) и одновременно Жаном Батистом Ламарком (1774—1829), означает «изучение жизни», а поскольку клетка является живым элементарным организмом, то, следовательно, мы и должны заниматься ее биологическим изучением. В сущности зарождается цитология, как наука о клетке. Собрав большой фактический материал о строении клетки, который к тому времени уже накопился в научной литературе, Карнуа определяет три направления в изучении биологии клетки. Он говорит об общей биологии, имея в виду установление общих закономерностей, которые могут быть выявлены при изучении клеток и тканей; далее он говорит о сравнительной биологии, предполагающей сравнительное изучение клеток в пределах какой-либо группы организмов, и, наконец, он говорит о специальной биологии клеток, тканей и органов, относящейся к какому-либо частному объекту. Эти рассуждения о подходе к исследованию клетки являются общими для любой отрасли биологического исследования. Интересно отметить, что эти идеи развивались в теоретическом обзоре, посвященном исследованию клетки. Таким образом, наука о клетке поднялась на такую же принципиальную высоту, как и другие крупнейшие разделы естествознания. Выходом в свет книги Карнуа подводился, собственно говоря, первый итог предшествовавшим разрозненным данным, в результате чего цитология оформилась как самостоятельная биологическая дисциплина со всеми тремя основными признаками, характеризующими любую науку, а именно: объектом, содержанием и методом исследования.
Высказывания Карнуа не отличаются большой оригинальностью. Мы на них останавливаемся потому, что они отражают взгляды большинства передовых ученых того времени и, следовательно, хорошо характеризуют тот период науки о клетке. Карнуа стоит на той точке зрения, что клетку следует называть организмом, или элементарной индивидуальной единицей сложных существ. Он подробно развивает идею об особой архитектонике живой массы протоплазмы. Называя клетку элементарным организмом, Карнуа поясняет, что под этим следует понимать биологическую автономность клетки прежде всего в смысле ее способности самостоятельно проявлять свою жизнедеятельность. Таким образом, клетка характеризуется истинной индивидуальностью, причем это справедливо как в отношении одноклеточных существ, так и в отношении клеток высших многоклеточных организмов, несмотря на то, что необходимые условия, при которых может проявляться их жизнедеятельность, большей частью не могут быть созданы без участия других клеток или соседних тканей, или даже целого организма. Правда, Карнуа указывает и приводит с большой подробностью ряд случаев, когда индивидуальность клетки может подавляться и даже исчезать. Конкретно приводятся примеры образования плазмодиев и многоядерных структур (миксомицеты, млечные сосуды и спорангии многих растений), представляющих собой многоядерные протоплазматические массы.
Итак, руководящей идеей того периода было представление о клетке как о простейшем индивидууме. У Карнуа этот взгляд нашел свое завершение, поскольку его мысли в конечном итоге сводятся к тому, что клетка должна изучаться аналогично изучению многоклеточных организмов. Именно это и лежит в основе понятия «биология клетки», понятия, впервые четко сформулированного Карнуа.