В отличие от традиционной, современная филогенетика использует кроме морфологических молекулярно-биологические критерии. Анализ генов 18S рРНК и структуры кластерных Hox-генов существенно изменил наши представления о филогенетических взаимоотношениях билатеральных животных.
По современным взглядам, Bilateria подразделяются на три основные группы — Ecdysozoa и Lophotrochozoa, которые объединяют несколько типов Первичноротых, и Deuterostomia, или Вторичноротые. Нематоды и некоторые другие группы объединены теперь вместе с членистоногими в группу Ecdysozoa. К Lophotrochozoa относятся Немертины, Плоские черви, Моллюски, Аннелиды, т. е. типы, которые характеризуются спиральным типом развития, но также Брахиоподы, Мшанки и Форониды, раннее развитие которых основано на иных принципах. Вторичноротые объединяют Полухордовых, Иглокожих, Головохордовых и Хордовых. Как можно видеть, современная филогенетика отказывается от концепции членистых животных как единой группы, включающей аннелид и членистоногих, сближая последних с нематодами.
Можно думать, что появлению и дивергенции различных типов билатеральных животных предшествовал длительный период эволюции, в течение которого произошло существенное возрастание сложности кластера Hox-генов.
Как полагают, общий предок первичноротых имел в кластере, по крайней мере, 8 анцестральных Лож-генов (Peterson, Davidson, 199В). Среди них были 5 «передних» (lab, pb, Нох3, Dfd, Scr), два «центральных» (один из которых впоследствии дал fushi tarazu, Antp, Lox5 и другие Antp-подобные гены, а другой — Ubx) и один «задний» (AbdB-подобныЙ ген). У общего предка всех билатеральных животных было 6 Нох генов.