Наиболее распространенные заболевания черноплодной рябины — филлостиктоз и вертициллез.
Филлостиктоз проявляется на листьях в конце июня в виде серых пятен диаметром 1—7 мм. Пятна неправильной формы, часто сливаются. В августе грибок образует на листьях бурые пикниды с бесцветными спорами. Развитию болезни способствует теплая дождливая погода. При ежегодном сильном развитии болезни кусты истощаются, плоды становятся мелкими, менее сочными, урожай снижается. Источник инфекции — пикниды, перезимовавшие на опавших листьях.
Меры борьбы. До и после цветения опрыскивать рябину 1%-ной бордоской жидкостью. Убирать опавшие листья.
Вертициллез. Гриб поражает проводящие сосуды веток. Он проникает из почвы в корни и далее по сосудам в надземную часть растений. В первый год заражения заболевание незаметно. В последующие годы на поперечных срезах ветвей видно, что сосуды стали темнее. Вершины ветвей усыхают, молодой прирост не вызревает. В середине лета листья желтеют и опадают, развитие плодов замедляется, они засыхают. Весной следующего года дерево не цветет или цветет, но плоды не завязываются, кусты погибают.
Меры борьбы. Внесение весной в почву, где растут взрослые растения, азотнокислого аммония, вызывающего задержку роста мицелия гриба. Не следует применять азотнокислый натрий, так как он способствует росту грибницы. Кроме того, осенью необходимо вносить калийно-фосфорные удобрения, весной до цветения опрыснуть растения 0,5%-ной суспензией хлорокиси меди.