Лен поражается болезнями во все фазы его развития. К наиболее распространенным и вредоносным болезням льна относятся ржавчина, фузариозы, ломкость стеблей, аскохитоз, антракноз, бактериоз, а также карантинное заболевание — пасмо. Во всех районах льносеяния встречается повилика.
При выращивании конопли наиболее существенное значение имеют ветвистая заразиха и ряд грибных заболеваний: серая пятнистость стеблей, серая и белая гниль, фузариоз и белая пятнистость листьев. Такие болезни, как гнили и фузариоз, вызывают гибель растений, другие болезни оказывают влияние на качество волокна.