Люцерна поражается многими болезнями, некоторые из них причиняют значительный ущерб.
Возделывание этой культуры на одном месте в течение нескольких лет создает условия для накопления возбудителей и сильного развития болезней, что влияет на количество и качество люцернового корма. Борьба с болезнями затрудняется тем, что все растение люцерны используется на корм животным и вследствие этого нельзя применять химические средства при сильном ее поражении болезнями. Остатки химических средств через продукты животного происхождения переходят и в организм людей, что недопустимо. Вот почему необходимо соблюдать ряд других условий при защите люцерны. В Болгарии распространены следующие болезни люцерны: бурая пятнистость листьев, желтая пятнистость, аскохитоз, мучнистая роса, ржавчина, бактериальная гниль корней, фузариозное и вертициллезное увядание и некоторые вирусные болезни.