Диплодиоз. Возбудитель — гриб Diplodia chrysanthemella Ikata из класса Целомицеты.
Заболевание широко распространено и очень вредоносно. Болезнь особенно опасна в годы с обильными осадками и повышенной относительной влажностью воздуха. В такие годы бывает поражено до 100% растений. При сильном развитии диплодиоза наблюдается снижение урожая цветов и семян на 50-75% и даже на 90%. Большую роль играет месторасположение и рельеф плантации. Многолетними наблюдениями установлено, что благоприятные условия для развития болезни создаются на плантациях, расположенных вблизи водоемов, болот, балок или в местах пониженного рельефа, на посевах, затененных насаждениями.
Поражаются отдельные органы растения или весь куст. Ярче всего болезнь проявляется в период бутонизации и цветения. В год посева, если нет благоприятных условий, болезнь может и не развиться даже при высеве зараженных семян. Заболевание охватывает преимущественно плантации, начиная со 2-го года жизни. Весной листья становятся сероватыми, затем они буреют и усыхают или курчавятся. Первые признаки заболевания кавказской ромашки обнаруживаются в июне. При поражении точек роста стеблей цветение возможно только при формировании боковых цветоножек. В дальнейшем на листьях и стеблях образуется пятнистость, и они усыхают. Стебли или все растение отстают в росте, цветки деформируются. Иногда стебли становятся ломкими, утолщенными, искривленными и имеют продольные трещины.
Инфекция сохраняется на зараженных семенах в виде пикнид или внутри семян в виде толстого многоклеточного мицелия, а также в растительных остатках, зимующих на поверхности почвы или на глубине до 10 см. В почве на глубине 35-20 см гриб погибает. Источником заражения служат также и сорняки: скерда кровельная, крестовник обыкновенный, ромашка аптечная и непахучая.
Склероциальная, белая гниль. Возбудитель — гриб Sclerotinia sclerotiorum Fuck et Scl. из класса Эуаскомицеты. Патоген развивается главным образом на подземных частях растений и у основания стебля или на листьях, касающихся почвы. Грибы разрушают клетки, размягчают ткани, а в дальнейшем мацерируют корни, которые загнивают. На пораженных тканях появляются плотные сплетения грибницы, образующие покоящуюся стадию гриба — склероции черного цвета, различной величины и формы. Они сохраняют жизнеспособность в течение зимнего периода. Склероциальная гниль наблюдалась в рассадниках и в июле на взрослых растениях. Наиболее сильно заболевание проявляется в период бутонизации и цветения при высокой влажности воздуха, в густых, плохо проветриваемых травостоях, на пониженных местах и в долинах рек. Глинистые или заболоченные кислые почвы также способствуют развитию заболевания.
Гниль корней. Возбудители — грибы Fusarium sp. из класса Гифомицеты. Стебель в области корневой шейки темнеет, затем загнивает, переламывается, и растение погибает. Во влажную погоду в месте поражения стебля появляется беловатый, позднее розоватый налет, состоящий из мицелия и конидиального спороношения гриба.
Заболевание обычно наблюдается на участках пониженного рельефа, на засоленных или плохо аэрируемых почвах.
Ложная мучнистая роса. Возбудитель — псевдогриб Peronospora leptosperma D. B. из класса Оомицеты. На нижней стороне листьев далматской ромашки появляется белый паутинистый налет конидиального спороношения. С верхней стороны листьев появляется мозаичность, реже — нечеткие некрозы. В отдельные годы бывает до 70% заболевших растений.
Возбудитель сохраняется ооспорами в растительных остатках. Для развития патогена необходимо наличие капельно-жидкой влаги. Оптимальные температуры +14…+16°С.
Мучнистая роса. Возбудитель — гриб Erysiphe cichoracearum D. C. из класса Эуаскомицеты. В конце июня — начале июля на листьях кавказской ромашки появляется белый налет, состоящий из мицелия и конидиального спороношения гриба. К концу вегетации на мицелии закладываются плодовые тела — шаровидные клейстотеции. Заболевание развивается в засушливые периоды вегетации. В годы, благоприятные для развития возбудителя, на плантации может быть поражено до 100% растений.
Сохраняется гриб на растительных остатках в форме клейстотециев.
Ржавчина. Возбудитель — гриб Puccinia pyrethri Rabh. из класса Урединиомицеты с неполным циклом развития. Первые симптомы обнаруживаются во II декаде июля. На верхней и нижней сторонах листьев кавказской ромашки появляются сначала ржаво-коричневые Урединиопустулы с урединиоспорами, осуществляющими массовое перезаражение растений. Затем к концу вегетации образуются черные телиопустулы, которые сохраняются в зимний период на растительных остатках. Болезнь с кавказской ромашки не переходит на ромашку далматскую.