Сахарная свекла поражается болезнями во все фазы своего развития и в период хранения. Наиболее широко распространенными и вредоносными болезнями являются следующие: корнеед, церкоспороз, пероноспороз, мучнистая роса (в восточных районах). На урожай и качество корней также влияют ржавчина, фомоз (зональная пятнистость).
Большие потери продукции сахарной свеклы вызывает кагатная гниль корнеплодов, развивающаяся в период хранения.