Среди болезней всходов лиственницы наиболее опасны и распространены полегание и шютте.
Полегание сеянцев. Вызывается различными несовершенными грибами и прежде всего грибами из рода Fusarium. Заболевание широко распространено в лесных питомниках, вызывает гибель до 50% посадочного материала. Развитию болезни способствуют: высев нестандартных и непротравленных семян, поздние сроки посева семян, использование старых покрышек для отенения и другие нарушения агротехники выращивания посадочного материала.
Шютте лиственницы. Вызывается грибом Teria lands Vuil.
Заражение происходит спорами, которые, попав на хвою, прорастают и примерно через 2 недели образуют конидии. Начальные признаки заболевания характеризуются появлением на кончиках хвои мелких красноватых пятен, которые увеличиваются и сливаются. Постепенно участки отмирания принимают коричневую окраску, распространяющуюся до основания, после чего наступает полное отмирание хвои. На пораженной хвое образуются плодоношения в виде мелких блестящих точек. Если пораженную хвою опустить в 2%-ный раствор марганцовокислого калия, то плодоношения гриба через 20 мин будут иметь вид хорошо заметных черных точек (Шафранская, 1958).
Конидии гриба цилиндрические, с закругленными концами и небольшой перетяжкой посредине. Внутри них часто видны две капли масла, расположенные в разных концах. Прикрепляются конидии к концам многоклеточных, бесцветных, слегка изогнутых конидиеносцев.
Заболевание широко распространено на питомниках, в некоторые годы причиняет значительный ущерб. Сеянцы лиственницы, пораженные шютте, быстро ослабевают, в результате сильно снижается качество и выход посадочного материала. Особенно подвержены заболеванию сеянцы лиственницы сибирской и даурской, более устойчивы лиственница европейская и лиственница Сукачева; лиственница японская грибом не поражается (Журавлев, 1962). Болезнь наблюдается также и у взрослых деревьев, вызывая у них усыхание и опадение хвои.
Меры борьбы те же, что и с шютте обыкновенным.