Хлопчатник поражается многими болезнями. На всходах развиваются корневая гниль, гоммоз и фузариозное увядание. Взрослые растения поражаются гоммозом, вертициллезным и фузариозным увяданием, вирусом скручивания листьев и макроспориозом. Для хлопчатника представляют опасность и такие карантинные болезни, как антракноз и техасская корневая гниль, отсутствующие в Советском Союзе, но возможность заноса инфекции которых велика.
