Еще в конце XIX в. А. де Бари (1884) относил миксомицеты к царству животных, поскольку эти организмы обладают чертами животных и грибов.
С животными их сближают зоотрофное питание, наличие вегетативной амебоидной стадии, присутствие в циклах развития подвижных стадий (с двумя апикальными гладкими жгутиками), строение митохондрий. В настоящее время во многих системах органического мира они включены в царство Protozoa. Из всего многообразия отделов охарактеризуем только два — Myxomycota и Plasmodiophoromycota.