Можно таким же точно образом спросить, а что такое агроэкосистема? Мы не вправе утверждать, что рассматриваем экосистему в целом до тех пор, пока не будут идентифицированы ее компоненты, тип взаимосвязей между ними, их функциональная взаимозависимость, а также границы системы и потоки через эти границы.
Исследователи, привлекающие модели для иллюстрации концепций или для оценки вероятного поведения системы, часто оказываются не в состоянии ее определить. Вокруг того, как «система» ведет себя или функционирует, возникает много пустых разговоров, особенно когда она не идентифицирована (определена или вообще описана каким-либо образом).
Вторая исходная позиция: раз уж определена система, то ее окружение или среда также определены, по крайней мере в общих чертах. Согласно основной доктрине экологии, между системой и ее средой существует взаимодействие, и в результате мы наблюдаем то, что называется поведением системы. Это не тривиальное высказывание: взаимодействие часто определяет характер входов и выходов системы.
К настоящему моменту не сложилось общепринятой классификации сельскохозяйственных систем. Спеддинг утверждал, что усилия по разработке моделей таких экосистем сдерживаются отсутствием упомянутой классификации, поскольку мы без нее неспособны оценить, насколько широка область приложения модели, построенной для конкретной ситуации. Одна из таких классификаций создана самим Спеддингом, и, возможно, работы по моделированию в самом деле должны опираться на подобную схему, поскольку в противном случае идентифицировать потенциальную отдачу модели не удастся. Классификационная схема могла бы помочь также хотя бы частично преодолеть нашу неспособность определить систему и подобрать «лекарство от другого недуга»: неумения логично определить иерархический уровень системы.
Общая структура, понимаемая как иерархия, выбрана в экологии для того, чтобы можно было идентифицировать уровни организации (это не означает, что экологические системы в действительности представляют собой иерархии). Единодушно и однозначно определенным иерархическим уровнем является сама экосистема. В ее пределах могут быть выделены различные подсистемы, каждая из которых вносит определенный вклад в функционирование экосистемы. В сельском хозяйстве эквивалентный системный уровень отсутствует. Возможное исключение составляют отдельные фермы и ранчо, однако в этом случае возникает аналогия с ситуацией, когда каждая экосистема рассматривается как изолированная независимая сущность. До тех пор пока подобная точка зрения будет иметь право на существование, едва ли можно ожидать заметных успехов в моделировании агроэкосистемы. Модель должна включать как характеристики, общие для всех систем данного класса, так и особенности, присущие каждой конкретной ситуации. В сельском хозяйстве нам, как правило, приходится иметь дело с «суперсистемами», интегрирующими экологические, экономические и социологические системы.