Исходя из своего учения, Дарвин предсказал существование таких ископаемых живых существ, остатки которых были найдены уже после опубликования его замечательной книги «Происхождение видов». Так, например, в этой книге, напечатанной в 1859 г., он, на основании глубокого изучения, установил, что птицы должны произойти от каких-то пресмыкающихся животных.
По его мнению, когда-то должны были существовать животные, промежуточные между пресмыкающимися, подобными ящерице, и птицами.
И, действительно, через некоторое время были найдены остатки небольших животных, которые, сохранив много признаков пресмыкающихся, напоминали в то же время птиц. Эти странные животные получили название «первоптиц», или «археоптериксов», и, по справедливости, рассматриваются как промежуточное звено в образовании нового класса животных — птиц. Археоптериксы представляли собой животных величиной с голубя или ворону. Они имели когти и длинный хвост, как у ящериц, и благодаря этому легко и свободно лазали по деревьям. В то же время по бокам передних ног и по обеим сторонам хвоста у них росли перья, как у современных птиц. Таким образом, эти полуптицы-полуящерицы способны были перепархивать с одного дерева на другое.
Не только изучение остатков ископаемых животных подтверждает учение Дарвина. Дарвин указывал, что установить родство между различными видами животных можно, изучая их зародышевое развитие и внутреннее строение. Вот, например, огромное морское животное кит. По народному представлению кит считается рыбой: «чудо-юдо рыба-кит», говорится в народных сказках. Однако известно, что киты рождают детёнышей, а не мечут икру, как рыбы; затем своих детёнышей они вскармливают молоком из млечных желез. По этим и некоторым другим признакам кита нужно причислить не к рыбам, а к теплокровным млекопитающим животным. Следовательно, кит должен был произойти от каких-то млеко-питающих предков, живших на суше и обладавших четырьмя ногами.
У самого кита ног нет. Взамен передних ног у него имеются ласты, напоминающие плавники рыб. Дарвин указал, что если удалить мясо с костяка кита, то, оказывается, скелет передних ластов у кита состоит из точно таких и крыло летучей мыши, и лапки крота и приспособленные к плаванию ласты тюленя происходят от обычной для большинства млекопитающих животных пятипалой конечности. Они состоят из одних и тех же костей и имеют много общего со строением крыла птицы и лапы крокодила, которые являются ещё более отдалёнными родичами млекопитающих животных.
Очень трудно было доказать, что копыто лошади развилось из той же пятипалой конечности. Копыто лошади же костей, из каких состоят передние конечности всех других млекопитающих животных, т. е. из одной кости плеча, двух костей предплечья и нескольких косточек пяти пальцев.
При внимательном осмотре скелета кита можно найти группу других небольших косточек, соответствующих задним ногам. Всё это показывает, что киты действительно произошли от четвероногих предков, обитавших когда-то на суше и относившихся к классу теплокровных млекопитающих животных.