Здесь мы рассмотрим роль микроорганизмов в очистке почвы и водоемов от разного рода химических загрязнений, иными словами, их санитарную роль в биосфере.
В этом плане о микробиологических исследованиях можно говорить как о мероприятиях, направленных на охрану окружающей среды от негативных последствий антропогенного воздействия.
Придается большое значение использованию методов и подходов общей, почвенной, водной микробиологии для предотвращения неблагоприятных последствий загрязнения окружающей среды химическими веществами и отходами сельского хозяйства и промышленности. В проблеме защиты окружающей среды меньше всего внимания уделено охране почв, хотя различного рода загрязнения почвы весьма ощутимы для человечества. Поступающие с отходами производства и адсорбируемые почвенными частицами различные органические соединения в ряде случаев оказываются токсичными, представляя опасность для жизни животных и человека. Промышленные загрязнения могут изменять физико-химические, биохимические, микробиологические свойства почв, способствовать накоплению в них нежелательных ингредиентов. Различного рода углеводороды, содержащиеся в шламах и других промышленных отходах, существенно влияют на структуру и функционирование микробных ценозов, что в ряде случаев приводит к нежелательным изменениям их состава, снижению количества ценных группировок и видов, распаду экологических ассоциаций и в конечном итоге снижению плодородия.
Больших размеров достигают загрязнения почв и водоемов в связи с интенсификацией сельскохозяйственного производства. Основные источники загрязнения среды в этом случае — пестициды, минеральные удобрения, отходы крупных животноводческих ферм. Наибольшую опасность представляют гербициды вследствие их высокой биологической активности. Гербициды и продукты их трансформации, вымываясь почвенно-грунтовыми водами, выносятся в подпочвенные реки и открытые водоемы, загрязняя их и оказывая в дальнейшем действие ка сложные трофические цепи природы. В то же время вследствие своей высокой агрономической и экономической эффективности гербициды заняли прочное место в современном земледелии, их применение постоянно расширяется и в настоящее время носит систематический характер. Попадая в почву, он у вступают во взаимодействие с микроорганизмами, которые обладают практически неограниченными возможностями влияния на любые природные и неприродные соединения. Микробоценозы почв — основное звено в процессах детоксикации и трансформации этих соединений и, как следствие, самоочищения от них окружающей среды. С учетом возрастающего воздействия человека на природу роль микроорганизмов в охране водно-почвенных компонентов биосферы прогрессивно увеличивается. Значительно возрастает потребность в разработке методов направленного регулирования деятельности микроорганизмов, участвующих в процессах: очистки окружающей среды.