Нужно прежде всего дифференцировать бешенство, ботулизм и отравление полынью, сопровождающиеся, так и ИЭМ, поражением центральной нервной системы.
Бешенство. Для бешенства характерны: наличие укусов, параличи глотки; отсутствие желтухи и атонии кишечника; потеря сознания, агрессия по отношению к животным и человеку. Смертельность в 100% случаев, чаще через 1—2 или 3—4 дня с начала болезни. При вскрытии находят инородные тела в желудке, кровоизлияния под слизистой оболочкой желудка; тельца Негри в ганглиозных клетках головного мозга, часто негнойный энцефалит (гистодиагноз).
Ботулизм. При ботулизме прослеживается связь с определенным кормом (силос, смоченное сено, зерно), обнаруживается токсин в фураже и в содержимом желудочно-кишечного тракта; отсутствует желтушность слизистых оболочек; наблюдаются парез глотки, свисание нижней челюсти, парез языка, резкая слабость. Животное преимущественно лежит (прострация). Сознание сохранено. Смертельность высокая; смерть наступает через 1—7 дней, реже позже.
Данные вскрытия: студенистые инфильтраты по ходу трахеи, кровоизлияния под слизистой тонких кишок, под эпикардом и эндокардом, в мозге, легких, почках.
Микробиологический диагноз ставится на основании обнаружения токсина в корме и органах павшего животного. Из секционного материала исследуют содержимое желудка, тонких и толстых кишок и, кроме того, кусочки головного и спинного мозга. При жизни исследуют на токсин кровь и мочу.
При отравлении полынью учитывают, что оно наступает вскоре после поедания засоренного корма. Желтуха отсутствует. Лошадь то стремится вперед, то пятится «назад, падает, стонет, бьется головой о землю. Губы, голова и шея судорожно подергиваются. Во время приступа температура тела повышается до 40°.
Данные вскрытия: кровоизлияния под слизистыми оболочками; катаральное воспаление желудка и кишок.