Как выше было показано, недовольство механистическими и антропоморфическими тенденциями в советской геоботанике проявилось уже в 20-х годах.
Но это недовольство или опиралось на неосознанную диалектику, или же было просто стихийным протестом, не обоснованным философски.
Существенным (если не сказать — поворотным) событием на пути философского осмысления теоретических основ советской геоботаники явилась дискуссия на тему «Что такое фитоценоз», которая состоялась 23 марта 1934 г. (см.: Советская ботаника, № 5, 1934). Провозглашенные на этой дискуссии мысли и положения были концентрированным проявлением того процесса, который продолжался в советской геоботанике много лет.
Основным на дискуссии был доклад В. Н. Сукачева (1934). Высказав свои положения по основным проблемам фитоценологии, он остановился на идеологических и философских вопросах, связанных с развитием советской геоботаники. Он отметил, что различные направления геоботаники в разных странах отражают в действительности идеологию социально-экономических формаций данных стран. Фитоценология, ее теория и методология в капиталистических странах, по мнению В. Н. Сукачева, отражают идеологию загнивающего капитализма. Характерной чертой последней является идеализм и механицизм. Некоторые естествоиспытатели этого периода пытались все явления живой природы объяснить закономерностями физики, химии и социологии. В эту сеть механистического материализма попали и некоторые геоботаники, в том числе и советские. Находя среди признаков человеческого общества и растительного сообщества некоторые схожие (взаимные соотношения между организмами, борьба за существование и др.), они сделали вывод о полном (или частичном) совпадении факторов и закономерностей, руководящих жизнью и развитием человеческого общества и растительного сообщества. Такой механицизм был характерен для виталистов, которые в этом видели единство закономерностей природы, всех ее компонентов — растений, животных и человека. Но на основании этого можно было сделать выводы о закономерности разделения людей на классы, об идентичности борьбы за существование в природных сообществах и у людей и т. д.
Проблемы, освещенные Сукачевым, трактовались им на основе законов диалектического материализма и внесли в этом смысле определенную ясность в философскую направленность советской геоботаники. В то же время нельзя не заметить в этих высказываниях долю догматизма, выразившегося в разделении всех без исключения наук и их направлений (исходя из того, где они развиваются) на загнивающие и здоровые и т. д. Сукачев закончил философскую часть своего доклада на дискуссии следующими словами: «Резкий перелом в нашей фитоценологии мы имеем лишь в последние годы. Критика механистических и идеалистических теорий в фитоценологии, перестройка ее на основе марксистско-ленинской методологии, самое тесное сближение ее с запросами социалистического строительства, переработка того лучшего, что было в прежней русской фитоценологии и что есть в заграничных школах, привели к дальнейшему развитию методики советской фитоценологии в направлении разрешения крупнейших вопросов, связанных с соцстроительством» (Сукачев, 1934, с. 8).
Представив затем свои положения по основным вопросам фитоценологии, Сукачев остановился на вопросе трактовки фитоценоза. Он критиковал взгляды Алехина и Дю Рие по этому вопросу и дал свое определение: «Фитоценоз есть совокупность на определенной территории растений, организованная борьбой за существование между растениями в соответствии с условиями среды и характеризующаяся определенными взаимоотношениями растений как друг с другом, так и с условиями среды».
Фитоценозами Сукачев считал группировки как естественной растительности, так и культурных растений. Группировки, в которых не наблюдается борьбы за существование, он называл агрегациями (например, многие группировки пустынных растений). Среди фитоценозов он выделял открытые и закрытые. В первых борьба за существование происходит лишь в подземных частях фитоценоза.
Эти взгляды Сукачева на проблему фитоценоза вызывают ряд возражений. Критические замечания в их адрес были сделаны и на дискуссии. В первую очередь не совсем естественно признавать определяющим фитоценоз лишь один признак — конкуренцию. Открытые и редкие группировки пустынных растений нередко исторически более выработаны и экологически более уравновешены, чем, например, многие сообщества луговых растений. Фитоценоз как крайне сложное природное явление характеризуется рядом признаков (флористический состав, физиономия, степень выработанности, интеркоакции между растениями и ими и средой, инфраценотические структурные части — популяции, микрогруппировки, синузии и др. и их взаимосвязь со средой и т. д.), а не одним из них. Если искать среди большого комплекса признаков фитоценоза ведущий, определяющий, то таковым, как полагаем мы, будет степень приспособленности его основных строителей к экотопу (его главным показателям) данного фитоценоза, т. е. фитоценоз в первую очередь эколого-ценотическое явление, а не социальное; главным, селектирующим, фактором при становлении, развитии и жизни фитоценоза является экотоп.
На дискуссии ряд ученых (П. Н. Овчинников, Н. А. Прозоровский, Б. А. Келлер и др.) указывал на однобокость определения фитоценоза, данного Сукачевым. Они подчеркивали значение естественного отбора в процессе формирования фитоценоза, требовали включения признака исторической выработанности в его определение, возражали против трактовки группировок культурных растений как равных естественным фитоценозам, выработанным в длительном процессе фитоценогенеза.
Много внимания было уделено вопросу о синузии. По Сукачеву, синузиями являются пространственно или во времени разграниченные и экологически и фитоценологически обособленные группировки растений внутри фитоценоза. Сукачев критиковал тех геоботаников, которые считали синузию основной единицей изучения растительности (Дю Рие). Последняя точка зрения нашла своих приверженцев и на дискуссии (П. Н. Овчинников).
Нельзя сказать, что на дискуссии «Что такое фитоценоз» были разрешены стоящие перед тогдашней геоботаникой теоретические вопросы. Таких задач не ставили и организаторы дискуссии. Но она имела большое значение в плане постановки проблем, освещения их с новых точек зрения, в новых аспектах. Ученые откровенно выразили свои мысли, скрестили в острой дискуссии свои теоретические положения, и из этого на последующем пути развития стали выкристаллизовываться крупинки истины, основные принципы новой советской геоботаники, философской основой которой стал диалектический материализм. Но не легок был этот путь. Уже через несколько лет в советской биологии стали проявляться тенденции, которые привели к монополизации отдельных общетеоретических взглядов, затормозили на длительный период свободное развитие не только общей биологии, эволюционной теории и генетики, но и других биологических наук, в том числе и геоботаники.