Активная жизнь водорослей в почве доказывается прежде всего прямыми наблюдениями: при микроскопировании почвы обнаруживаются водоросли, морфологически целые и нормальной окраски.
Наблюдения с помощью флуоресцентной микроскопии показывают, что в толще почвы водоросли, обнаруживаемые по интенсивной флуоресценции хлорофилла, образуют микроколонии, которые прикрепляются к почвенным частицам. В капиллярных педоскопах, помещаемых в разные горизонты почвы, наряду с другими микроорганизмами обнаруживаются и живые водоросли. Подтверждением вегетирующего состояния водорослей в почве является также быстрота их роста в почвенных и агаровых культурах.
Бристоль-Роач специальным опытом показала наличие вегетативных стадий водорослей в толще почвенного слоя. Образцы почв, взятые с глубины до 16 см, подвергались быстрому и сильному высушиванию в токе сухого воздуха при 35° С; автор рассчитывал, что при таком воздействии, имитирующем суховей, все деятельные особи будут убиты, а покоящиеся клетки и споры сохранятся. Последующие культуры из высушенных образцов показали резкое снижение количества особей по сравнению с контрольной, невысушенной почвой: с 79.5 тыс. особей на 1 г почвы в контроле до 9.2 тыс. в опытных образцах, т. е. около 70 тыс. особей на 1 г почвы находились в природных условиях в вегетативном состоянии. Разные водоросли по-разному реагировали на высыхание: диатомеи были убиты все, следовательно, они находились в почве в вегетативном состоянии; на синезеленых высушивание не действовало; зеленые вели себя различно. Некоторые виды полностью исчезли: из 17 видов сохранилось после высушивания только 7. Подобные опыты были проведены также Скиннером, Трайнором и некоторыми другими и привели к убеждению, что в почве, в тех слоях, куда не проникает свет, все же могут существовать вегетативные особи водорослей, не говоря уже о покоящихся стадиях.
Почвенные водоросли — не единственный пример жизни водорослей в темноте. В последние годы интенсивно исследуется биология организмов, населяющих пещеры и подземные воды; в большинстве случаев живые водоросли обнаруживаются здесь на далеком расстоянии от входа, за пределами проникновения света. По Шербенеску и Деку, водоросли и мхи росли на расстоянии 1700 м от входа в пещеру. Известно нахождение живых водорослей под арктическими льдами и в глубинах океана. По Лунду, водоросли фитопланктона способны к фотосинтезу на такой глубине, где интенсивность света меньше 0.06—0.07% от наружной. Интересный случай роста водорослей в темноте описал Клаус: 86 видов водорослей были найдены на дне и стенках ящика в машине для изготовления льда; концентрация водорослей в фильтрате на дне ящика, в полной темноте, в 100 раз превышала концентрацию их в воде нью-йоркского водопровода, используемой для получения льда; автор считает, что водоросли активно размножались в темноте при температуре льда.