Проникнув в зародышевый мешок, пыльцевая трубка приходит в соприкосновение с его яйцевым аппаратом. Из нее выходят два спермия.
Один проникает в яйцеклетку и сливается с ее ядром, а другой оплодотворяет ядро центральной клетки зародышевого мешка. Происходит процесс двойного оплодотворения. Оплодотворенная яйцеклетка становится зиготой, в ней восстанавливается диплоидный (2n) набор хромосом. Из зиготы путем ряда митотических делений клеток развивается зародыш семени нового растения. Центральная клетка зародышевого мешка после оплодотворения содержит тройной набор хромосом (3n). Из нее развивается триплоидный эндосперм семени.
Двойное оплодотворение у растений впервые было открыто в 1898 г. выдающимся русским ученым С. Г. Навашиным. Это открытие сыграло большую роль в цитологии и ботанике. Благодаря ему были изучены и объяснены многие сложные процессы оплодотворения и размножения, а также наблюдаемое у некоторых растений явление ксенийности. Суть его состоит в том, что признаки отцовского организма проявляются непосредственно в результате опыления на эндосперме семян материнских растений. Например, при произрастании рядом двух сортов кукурузы — белосемянного и желтосемянного — у первого из них появляются початки, в которых часть семян окрашена в желтый цвет. Такие початки называются ксенийными. Признак желтой окраски эндосперма в этом случае проявляется как результат оплодотворения ядра центральной клетки зародышевого мешка белосемянного растения одним из спермиев пыльцевого зерна, попавшего на его рыльце с желтосемянного сорта. В явлении ксенийности очень хорошо выражены половая природа и возможный гибридный характер образования эндосперма.