Обратимся теперь к собственно биологическому аспекту экологии, именно к взаимодействию организмов с организмами, которые поддерживают структуру и функционирование сообществ.
До сих пор много внимания уделялось роли мощных физических и химических сил в экосистеме. Было показано, как солнечная энергия течет через такие природные системы, как океан, поля, занятые сельскохозяйственными культурами, и леса; как вещества входят в цикл и выходят из него; как популяции и сообщества приспособлены к действию температуры, света и других абиотических факторов и ограничены ими. Ясно, что организмы отнюдь не являются пешками в великой шахматной игре, в которой физическое окружение управляет всеми движениями. Как раз наоборот, сообщества могут перестраивать, изменять и регулировать в определенных границах свое окружение. Были отмечены случаи бактериального восстановления азота или строительства рифов в результате объединенных усилий кораллов и водорослей. Пока еще не разобраны в деталях принципы, по которым осуществляется взаимодействие популяций и их роль в развитии сообществ во времени. Этот аспект экологии можно назвать экорегуляцией, или экоэнергетикой, или экоцикличностью и т. д.