Первую фиксацию завязей производят через 1 сут после опыления. В дальнейшем этот интервал выдерживают в течение 30 сут. Следует иметь в виду, что завязи в первые дни после опыления фиксируются плохо. На поздних стадиях развития зерновки приходилось делать наколы завязи или снимать часть покровов, или же отрезать верхнюю часть зерновки, чтобы ускорить проникновение фиксатора. Лучший фиксатор в данном случае — смесь Карнуа. Фиксатор Навашина для изучения средних и поздних стадий эмбриогенеза менее пригоден.
Зародыши злаков очень трудны для исследований. Для составления правильного представления об эмбриогенезе злаков следует изучать строение зародыша в 3 плоскостях: дорсовентральной, латеральной и трансверсальной. Для получения дорсовентрального среза зародыша бороздка завязи (в дальнейшем зерновки), совпадающая в основном по своему положению с областью плаценто-халазы, должна быть расположена параллельно лезвию микротомного ножа, а при латеральном — перпендикулярно. При трансверсальных срезах микротомный нож пересекает завязь, образуя по отношению к бороздке угол в 90°.
Положение перегородок в проэмбрио и процессы заложения и развития органов зародыша (например, «смещение» локуса апекса побега из терминального положения в латеральное) можно выявить лишь при сопоставлении срезов, сделанных в разных плоскостях. Плоскости срезов уточняют путем сравнения топографического взаиморасположения зародыша, элементов семяпочки и завязи.
Для изучения стадий развития зародыша срезы делают толщиной от 5 до 35 мкм, однако на срезах, толщина которых не менее 25—35 мкм, структуру зародыша и других элементов зародышевого мешка можно наблюдать на одном срезе и легче избежать ошибки при толковании их строения. Более поздние стадии предпочтительнее изучать на срезах, толщина которых не превышает 10—15 мкм. Это позволяет лучше исследовать анатомию зародыша и специфику клеток и тканей из разных его зон. Кроме того, ранние этапы эмбриогенеза изучают и в семяпочках, извлеченных с помощью острой иглы из завязи и зафиксированных по Навашину или Карнуа. Для того чтобы избежать «лопания» семяпочек, их извлекают в изотоническом (5—10%-ном) растворе сахарозы.
Для окраски препаратов можно применять генцианвиолет (с подкраской оранжем Ж) и танин — хлорное железо — сафранин и другие красители. Последняя окраска очень контрастная, дает ясный рисунок клеточных оболочек, цитоплазмы и ядра.