Инфекционные заболевания, характеризующиеся клинической картиной энцефалита, но встречающиеся в отличие от эпидемического энцефалита на строго ограниченных территориях, стали изучаться относительно недавно.
К таким эндемическим энцефалитам относятся клещевой энцефалит, шотландский энцефаломиелит, японский и американский (Сан-Луи) комариные энцефалиты, американский лошадиный энцефаломиелит, австралийский энцефалит и др.
Клещевой весенне-летаий энцефалит впервые был изучен советскими исследователями (Л. А. Зильбер, A. А. Смородинцев, М. П. Чумаков, Е. Н. Левкович, B. Д. Соловьев и др.) в 1937—1939 гг. в условиях Сибири, Дальнего Востока, Урала. Эти работы привлекли внимание зарубежных исследователей, и вскоре болезнь была установлена в ряде стран Восточной, Южной и Северной Европы, в Азии, Северной Америке (Канада).
Что касается японского (комариного, летне-осеннего) энцефалита, то он уже с 1924 г. подлежит официальной регистрации в Японии. В нашей стране японский энцефалит диагностируется с 1938 г. (П. Г. Сергиев, А. А. Смородинцев, М. Б. Кроль, И. И. Рогозин и др.).