Эпистаз позволяет гену подавлять эффект проявления неаллельного гена.
Данные исследований нескольких оценок компонентов вариансы показывают, что эпистатическая изменчивость в пределах свободноопыляющихся сортов и межсортовых гибридов незначительна. Напротив, о значительных эпистатических эффектах в исследованиях, включавших парные сравнения простых и трехлинейных гибридов, сообщали Бауман, Горслайн, Спрэг и др.
Штубер и Молл оценили важность эпистаза в межсортовом гибриде (Джарвис X Индиан Чиф). Они использовали F1 межпопуляционного простого гибрида и потомства от одного поколения самоопыления 128 случайно выбранных линий (64 линии Джарвик Голден Пролифик и 64 линии Индиан Чиф). Они обнаружили, что в некоторых наборах гибридов существует эпистатический эффект. Однако величина общей изменчивости, которую можно было приписать эпистазу, в среднем была менее 10%. Они пришли к заключению, что эпистаз может быть важен в уникальных генетических сочетаниях, но эти сочетания либо встречаются слишком редко, либо дают столь незначительный эффект, что их невозможно обнаружить в случайно скрещивающихся равновесных популяциях.