Заболевание лошадей ИЭМ не связано с высотой местности над уровнем моря, почвенными условиями, характером пастбищ и водоисточников. Наиболее часто заболевают лошади, находящиеся в сельской местности при пастбищном содержании.
Для ИЭМ характерна летне-осенняя сезонность. Осенью и зимой лошади заболевают редко. Первые случаи болезни регистрируют обычно в мае—июне, реже в апреле. Максимальная заболеваемость отмечается в июле, августе или сентябре. Болезнь протекает в форме энзоотии (наиболее часто — относительно небольшой охват поголовья, связь с определенным пунктом) и спорадических случаев. Подобно американскому энцефалиту лошадей и болезни Борна, отмечают определенную цикличность течения эпизоотий ИЭМ в нашей стране.
По статистическим данным, в России в период 1900— 1912 гг. эпизоотия в некоторые годы усиливалась, а затем значительно снижалась. Особенно значительно ИЭМ был распространен в разных географических зонах нашей страны с 1910—1912, 1923—1924, 1931—1933 и 1943 гг. Для ИЭМ в известной степени характерна определённая локальность, стационарная связь с определенным пунктом, в котором ИЭМ появляется периодически, через неопределенное количество лет.
По данным ветеринарной комиссии (руководитель Я. Е. Коляков), в табунах, где были вспышки ИЭМ, наибольшее число заболевших лошадей регистрировали в первый месяц появления эпизоотии — в июле. Отмечалось одновременное или почти одновременное начало эпизоотии в различных табунах. По темпам нарастания заболеваемости и продолжительности интервалов между случаями выделения новых больных животных мы различаем три типа эпизотин ИЭМ:
кучное течение — больных лошадей выделяют ежедневно или почти ежедневно в течение продолжительного времени;
паузное течение — новых больных выделяют с более или менее значительными интервалами (дни, декады);
кучно-паузное течение — сочетание первых двух типов.
В табунах, где заболеваемость распространялась широко, наблюдалось кучное течение эпизоотии. При кучно-паузном течении ущерб меньше, чем при кучном. Наиболее благоприятно паузное течение. Угасают эпизоотии ИЭМ различно. Примерно в половине обследованных групп лошадей, пораженных ИЭМ, болезнь затухала постепенно; в другой половине энзоотия резко обрывалась. Смертельность больных лошадей в конечном периоде эпизоотии ниже, чем в начальном и основном периодах. Продолжительность эпизоотии в табунах колебалась от 21 до 108 дней. Прямой пропорциональности между продолжительностью эпизоотии и количеством заболевших в табуне установить не удалось.