До открытия вирусной этиологии (в начале 30-х годов) инфекционный энцефаломиелит в отечественной литературе определяли как кормовое отравление, вызываемое ядовитыми растениями (Исполатов и др.), стрептококковую (Усатенко) или менингококковую инфекцию (Б. Л. Пацевич), болезнь Борна, протозойное заболевание (В. Л. Якимов), спирохетоз (А. В. Белицер и др.).
Первые штаммы вируса ИЭМ выделены в 1932 г. И. Г. Левенберг от лошадей, павших в Московской и Воронежской областях, и С. Н. Вышелесоким и его сотр. в Казахстане (Алма-Ата). В дальнейшем, штаммы вируса выделяли и другие исследователи (Г. X. Ишуков, В. И. Якушев, К. А, Хлусцов, А. М. Растегаева, П. Я. Шербатых и др.). Более часто вирус из мозга лошади выделяли пассажами вируссодержащего материала на куриных эмбрионах и многократным замораживанием с последующим оттаиванием мозговой ткани. Изучение московского, воронежского, ленинградского вирусов показало их идентичность и значительное отличие от казахстанского. К московскому (и идентичным ему вирусам) наиболее восприимчивы кролики, к алма-атинскому — кошки. Кролики заражаются при интрацеребральном, субдуральном и субокципитальном введении эмульсии мозга больной лошади. Непостоянно при интрацеребральном и других способах введения материала московским вирусом заражаются морские свинки, крысы, белые мыши. По С. Н. Вышелесскому, алма-атинским вирусом кошки заражаются при инъекции материала теми же способами, а также при подкожном, интрамускулярном введении и скармливании мозга и печени лошадей, павших от ИЭМ. Инкубационный период у кроликов для стабилизированного пассажами вируса ИЭМ 4—5 дней. Мозговая эмульсия зараженных кроликов при частных пассажах вирулентна даже при разведении 1 : 10 000 и более. Заражение кроликов внецеребральными методами удается редко. Однако Я. Е. Колякову и А. М. Романову (1944)) удалось вызвать заболевание всех 35 кроликов, зараженных в мышцы языка. Клиническая картина у заболевших животных соответствовала наблюдаемой у экспериментально (интрацеребрально) зараженных ИЭМ кроликов. Специфичность заболевания кроликов при интралингвальном заражении была подтверждена биопробами на кроликах, а также установлением при гистоисследовании мозга негнойного энцефалита (Л. М. Пичугин).
В результате исследования вирусов ИЭМ (московский № 2 и воронежский № 6) установлены (В. И. Мутовин и др.) следующие его свойства. Величина частицы вируса 80—120 ммк. Вирус проходит через фильтр Зейтца, Шамберлана L2 и L3, Беркефельда N. Инфицирующая доза при интрацеребральном заражении кроликов 0,1—0,2 мл в разведении 1 : 1000 при частых пассажах и больших разведениях.