Существует несколько различных эффекторных механизмов, которые позволяют иммунной системе реально избавляться от инфекционных агентов вследствие их распознавания антителами или Т-клеточными рецепторами.
Каждый из этих механизмов представлен у сегодняшних позвоночных в форме, индуцируемой независимо от специфического распознавания антигенов. Более того, параллельно каждому из этих механизмов существует надежный эффекторный механизм, который запускается рецепторами, кодируемыми перестраивающимися генами и распознающими антиген специфически. Яркий пример такого принципа представляет система комплемента. Альтернативный путь активации комплемента является мощным эффскторным механизмом, запуск которого связан с различиями в структуре бактериальной стенки и мембраны клеток хозяина. Клетки хозяина дополнительно защищены множеством поверхностных и растворимых белков, которые ускоряют расщепление связавшихся с ними компонентов системы комплемента. Специфическая ветвь этой эффскторной системы, классический путь, запускается связыванием антитела с антигеном, обычно на поверхности клетки. Белки, вовлеченные в этот каскад (кроме С1, необходимого для распознавания связанного антитела), кодируются генами, которые возникли в результате дупликации генов альтернативного пути. Практически наверняка первым в эволюции возник альтернативный путь, несмотря на то, что он был охарактеризован позже и назван «альтернативным».
Специфичность в форме фиксирующих комплемент антител была включена в этот каскад позднее, предположительно для усиления способности различать «свое — чужое» и для усиления фиксации комплемента на поверхностных структурах, которые приобрели резистентность к активации по альтернативному пути, таких как инкапсулированные бактерии. Это хорошо иллюстрируется примерами, когда у организма имеются дефекты в одном из двух путей активации. Подобным же образом, NK-клетки и цитолитичсские Т-лимфоциты содержат общие компоненты литического каскада. При этом NK-клетки могут действовать только на клетки, зараженные определенными вирусами, в то время как Т-клеточный рецептор позволяет цитолитическим Т-лимфоцитам обнаружить практически любую клетку, инфицированную вирусом, по присутствию вирусного пептида в комплексе с МНС I класса на поверхности инфицированной клетки.
Таким образом, получается, что эффекторный механизм существовал до развития системы специфических рецепторов антигенов и что антигенные рецепторы, будучи добавленными к предсуществующим эффекторным механизмам, увеличили точность и расширили варианты распознавания, которое может запускать эти эффекторные механизмы.