Данных по фенетике грибов и прокариот очень мало.
Это объясняется в первую очередь слабой изученностью популяционной биологии и систематики этих интересных групп, а также многими существенными их отличиями от других царств живого. Как уже подчеркивалось, вопрос о выделении популяций у прокариот вызывает затруднения. Споры грибов и микроорганизмов-прокариот насыщают все пространство биосферы, что вместе со своеобразными способами их размножения и переживания заставляет предполагать возможность существенно специфического действия микроэволюционных факторов в этих царствах. С другой стороны, именно это своеобразие делает заманчивой попытку использовать возможности фенетики популяций для их изучения.