В отличие от млекопитающих птицы фенетически изучены относительно слабо.
Имеются данные по фенам окраски и рисунка перьевого покрова, строения и окраски клюва, щиткования ног и пения.
Возможность фенетической характеристики внутривидовой изменчивости была показана на примере трясогузок рода Motacilla. У белой трясогузки М. alba в изменчивости окраски из разных частей ареала было выделено шесть «элементарных признаков»: цвет спины (черный или серый), белое пятно на крыле, черная полоска через глаз, белый подбородок, черный клинышек на лбу и белое пятно на боковых сторонах шеи. У желтой трясогузки М. flava в окраске и рисунке головы и шеи выделено 7 аналогичных вариаций.
Большие возможности для фенетических исследований представляет изменчивость окраски и рисунка клюва птиц. Наиболее интересной и детальной в этой области остается многолетняя работа, завершенная в конце 70-х гг., П. и Д. Скоттами в Слимбридже на юго-западе Англии. Авторами изучен рисунок клюва малого лебедя Cygnus bewickii и составлен альбом-определитель, позволяющий индивидуально различать около полутора тысяч лебедей, собирающихся в этом районе на зимовку. Было выяснено, что на небольшой территории заповедника зимует не менее семи родственных групп лебедей. Впоследствии были выделены дискретные вариации окраски и формы клюва лебедей, позволяющие объективно оценивать индивидуальные комплексы вариаций рисунка. Разработанная система кодирования вариаций рисунка клюва легла в основу изучения и оценки географической изменчивости малых лебедей.
Оказалось возможным выделение фенов по щиткованию ног у сороки Pica pica и большой синицы Parus major. Признаки фолидоза имеют то несомненное преимущество перед многими другими морфологическими признаками при учете их изменчивости, что они не подвержены возрастной изменчивости: характер чешуйчатости не меняется в течение жизни, несмотря на многочисленные линьки. К вариациям, соответствующим фенам, можно отнести некоторые особенности песни у птиц. Особенно много исследований в последние годы проведено на североамериканской белоголовой овсянке Zonotrichia leucophris. В четырех коленах ее песни выделяется несколько определенно дискретных компонентов, по которым можно отличать птиц из разных популяций. В этом нет ничего удивительного, стоит вспомнить хорошо известные любому любителю певчих птиц факты о различиях в песнях соловьев курских, владимирских, пензенских и других популяций.
Получив индивидуальные характеристики пения птиц, можно затем опознать птиц в популяции (без мечения и отлова) даже при их перемещениях в пространстве. Американские орнитологи по наборам дискретных признаков и их сочетаниям в песне проследили, например, миграции некоторых особей птиц от мест их размножения на Аляске до мест зимовок в Калифорнии.