Широкое разнообразие дискретных признаков у рыб издавна привлекает внимание, однако, собственно фенетические исследования начаты только в последнее десятилетие.
В генетике рыб накопились данные, свидетельствующие, что фенетическими признаками-маркерами для разновидностей золотого карася, карпа, ряда видов интенсивно разводимых аквариумных рыб (Lebistes, Poecilia, Macropodus и др.) можно считать многочисленные вариации окраски, чешуйчатости, строения плавников, формы тела, скелета. Так, только для карпа (Cyprinus carpio) известны такие моно — или олигогенные цветовые вариации: голубые, красные, темно-красные, оранжевые, стальные, белые, серые, желтые, пегие, желтая полоса по спине, орнамент на голове, зеленые, фиолетовые, коричневые, альбинизм. Целый ряд из названных цветовых форм встречается с разными частотами в природных популяциях в водоемах Юго-Восточной и Восточной Азии. У этого же вида генетические исследования показали существование следующих фенотипических вариаций, маркирующих определенные генотипы: по чешуйчатости (чешуйчатые, голые, зеркальные с многими вариантами, такими, как разбросанные, линейные, рамчатые и др.); по глоточным зубам (вариации числа и рядности); по плавникам (число лучей в спинном и других плавниках, форма плавников, отсутствие брюшных и присутствие дополнительных преданальных плавников, удлинение всех плавников). Исследования показали также генотипическую обусловленность общей карликовости телескопических (выпуклых) глаз и других изменений формы головы, сращения позвонков и изменения их числа и т. д. (В. С. Кирпичников, 1979).
Дискретные вариации у рыб выделены в окраске и рисунке покровов, числе чешуй, скелете и в биохимических признаках.
Примером выделения фенов окраски и рисунка может служить работа по изучению изменчивости этих признаков у тибетского гольца Nemachilus stoliczkai и одноцветного губача N. labiatus. У первого из них, по исследованиям, в 9 популяциях выделено 9 комплексов фенов, различающихся степенью пигментации и деталями рисунка. Каждая популяция отличается по числу встречающихся в ней комплексов фенов и их частоте. У одноцветного губача выделено всего 3 фена: окраска темная, серая и тигроидная.
В 49 популяциях того же тибетского гольца Т. А. Абылкасымовой (1983) были изучены 5 меристических признаков (число лучей в плавниках и жаберных тычинок), отдельные варианты которых учитывались как 21 дискретная вариация. При этом оказалось возможным различить практически все популяции, найти сходные группы популяций и четко разделить популяции трех изученных бассейнов. Интересно, что этот же материал, обработанный с позиций количественной изменчивости с помощью обычных вариационно-статистических методов дал возможность различить только три главные группы популяций по бассейнам.
Три дискретные морфотипа (комплекса вариаций) по числу чешуй обнаружены у трехиглой колюшки (Gasterosteus aculeatus): непрерывный ряд пластин числом от 20 до 30, покрывающий тело с боков и смыкающийся с хвостовым килем; 10—20 пластин, покрывающих только переднюю часть тела и отделенных разрывом от хвостового киля; тело голое, в передней части от 3 до 8 пластин, киля нет. Эксперименты показывают сложную наследственную природу описанных морф. К сожалению, подробного фенетического анализа здесь до сих пор не проведено, несмотря на значительные популяционные сборы этого вида в Северной Америке и Евразии.
Одно из наиболее интересных фенетических исследований проведено на плотве (Rutilus rutilus) и леще (Abramis brama) В. Н. Яковлевым с сотрудниками (1981—1983) в Институте биологии внутренних вод АН СССР. В скелете этих видов рыб (черепе, жаберных крышках, глоточных зубах, позвоночном столбе и др.) было выделено более 100 неметрических вариаций, соответствующих определению фена. Исследование 17 популяций плотвы и 6 популяций леща из бассейна Волги дало возможность судить о популяционной структуре этих видов и взаимоотношениях между разными популяциями.
Интересный материал быстро накапливается в области изучения полиморфизма ферментов и других белков.