Свою функцию органа дыхания, по данным Рагозиной, аллантоис начинает в конце 7-го дня, а с конца 8-го по 19-й является единственным органом газообмена.
Полость аллантоиса служит резервуаром для продуктов распада протеинов, выводимых сначала первичной, а потом и постоянной почкой. Вода из эмбриональной мочи реабсорбируется кровеносными сосудами аллантоиса, а содержащиеся в ней сухие вещества откладываются в полости аллантоиса в виде грязновато-белых масс. Таким образом, объем и состав аллантоисной жидкости изменяется в течение эмбрионального развития.
По данным Романова, аллантоис начинает функционировать как склад экскретов с 5-го дня инкубации. Количество общего азота в аллантоисной жидкости с 5-го до 13-го дня увеличивается в 80 раз и еще в 3 раза с 13-го до 18-го дня. Больше всего в аллантоисной жидкости мочевой кислоты, и около 90% ее выпадает в осадок в последнюю неделю инкубации. Кроме того, в аллантоисной жидкости имеется креатин (в увеличивающемся до 18-го дня количестве), аминокислоты (уменьшающиеся по концентрации, но увеличивающиеся по общему количеству), пуриновые основания, креатинин, аммиак и мочевина (содержание последних двух достигает максимума на 14-й день). Различные физические свойства аллантоисной жидкости отражают ее изменяющийся состав. Так, pH с 8.0 в конце 1-й недели инкубации (много мочевины) падает до 5—6 за 1-2 дня перед вылуплением (много мочевой кислоты, углекислоты и фосфорных соединений). С 14-го по 18-й день инкубации осмотическое давление аллантоисной жидкости снижается в связи с уменьшением калия, натрия, кальция, магния, неорганического фосфора, кремния и хлора. По сравнению с амниотической аллантоисная жидкость гипотонична, что обусловлено меньшим содержанием в ней NaCl. Еремеев показал, что содержание аллантоисной жидкости, так же как и амниотической, изменяется у разных видов в одинаковые отрезки времени в процентном отношении ко всей длительности развития эмбриона.
Кроме описанных выше функций дыхания, склада экскретов и разжижения белка в белковом мешке, аллантоис абсорбирует кальций из скорлупы. Нидхем, ссылаясь на данные многих исследователей, считает, что выделяющиеся аллантоисными сосудами углекислота и вода переводят нерастворимые в воде соли кальция в растворимый бикарбонат кальция, который абсорбируется сосудами аллантоиса и переносится эмбриону, где используется для построения скелета. Скорлупа куриных яиц за период инкубации теряет 190 мг органических веществ (7.1% первоначального количества) и 160 мг общей золы (5.2%), в том числе 140 мг кальция (6.5%). Растворение солей скорлупы, кроме снабжения эмбриона материалами для построения скелета, имеет значение и в увеличении проницаемости скорлупы (улучшение газообмена); кроме того, это делает скорлупу более хрупкой и способствует более легкому проклеву ее при вылуплении. Романов сообщает, что если яйцо не поворачивать, то в месте соприкосновения кровеносных сосудов с подскорлупной оболочкой в скорлупе появляются желобки, что доказывает абсорбирование аллантоисом кальция из скорлупы.
Кроме того, аллантоис, возможно, регулирует испарение влаги из яйца во второй половине инкубации. Шмидт говорит об аллантоисе как о «подушке», защищающей эмбрион от высыхания и травмы. Отрыганьев с соавторами, наоборот, считает, что благодаря аллантоису испаряется излишняя влага из яйца. Но экспериментальных данных, доказывающих регуляторную функцию аллантоиса в испарении влаги из яйца, насколько нам известно, нет.