Мутационная изменчивость идет на различных этапах развития организма и во всех его клетках.
Мутации, возникающие в гаметах и клетках, из которых они образуются, называются генеративными, а происходящие в клетках тела организма, — соматическими. Генеративные мутации при половом размножении передаются последующим поколениям организмов. Соматические же мутации для эволюции и селекции организмов, размножающихся только половым путем, значения не имеют, зато у организмов с бесполым и вегетативным способами размножения они играют большую роль.
У плодовых растений хорошо изучены мутации, происходящие в клетках точек роста, так называемые почковые мутации. Раньше их называли спортами. Первый, выведенный в 1888 г. И. В. Мичуриным сорт яблони Антоновка шестисотграммовая, ведет свое начало от почковой мутации, обнаруженной у сорта Антоновка могилевская.
Прямые и обратные мутации. Мутации генов могут быть прямыми и обратными, Например, у дрозофилы доминантный ген красной окраски глаз может мутировать в рецессивный ген белой окраски и наоборот.
У большинства генов частота прямых мутаций выше, чем у обратных. Очень часто рецессивные мутации вызваны утерей наследственного материала хромосомы, и обратная мутация в этом случае невозможна.