В кроне кедра выделяются три генеративных и один ростовой ярусы. В верхней части, начиная от вершины и охватывая, в зависимости от возраста, индивидуальных особенностей и положения дерева в насаждении, 8-26 мутовок ветвей, располагается женский генеративный ярус.
В нем находятся только ростовые и женские побеги. На последних, на концах ветвей первого порядка ветвления, формируются шишки.
Ниже располагается смешанный ярус, состоящий из ростовых, женских и мужских побегов. На последних образуются мужские соцветия. Их всегда больше, чем женских шишек. Степень превышения мужских побегов над женскими зависит от типа сексуализации особи. Протяженность смешанного яруса большая: он включает 10-30-летние мутовки, у отдельных деревьев опускается ниже середины кроны. Шишки формируются на концах ветвей первого и второго порядков ветвления, мужские пыльники — на побегах старших порядков (второго-четвертого). Женский и смешанный ярусы с женскими побегами образуют плодоносящий ярус кроны.
Еще ниже находится самый протяженный мужской ярус. Он состоит из ростовых и мужских побегов, расположенных на ветвях 25-50-летних мутовок. Их количество индивидуально обусловлено. Шишек в ярусе, как правило, не образуется. Этот ярус — основной производитель пыльцы. Она формируется в мужских «колосках» малинового цвета, эффектно выделяющихся на темно-зеленом фоне хвои. Во время вылета желтой пыльцы цветовая гамма дерева обогащается.
Самый нижний — ростовой ярус — представлен несколькими мутовками ветвей только с ростовыми побегами.
Протяженность генеративных ярусов у деревьев неодинакова. С нею связаны орехопродукгивность и декоративные свойства особей. Время цветения, в мае — июне, наиболее красивы деревья мужского и смешанного половых типов. Их узкопирамидальные, цилиндрические или конические малахитовые кроны до 2/3 длины расцвечиваются фантастическими узорами из малиновых, красных, это розовы х или сливовых мужских «колосков». Наряд женских особей в это время скромнее: мужские пыльники густо раскрашивают темно-зеленую хвою только в нижней трети дерева. Зато верхнюю и среднюю части кроны, а в урожайные годы — всю крону, в течение всего лета будут украшать необычайно декоративные фиолетовые шишки, бронзовеющие к осени.