Генные модификации, возникающие у животных при их разведении в неволе с целью последующей реинтродукции, представляют серьезную угрозу и генетическому пулу животных в диких популяциях.
Во-первых, участвуя в процессе реинтродукции, животные, выращенные в искусственных условиях и выпущенные на волю, изменяют генетический пул диких популяций. Эти изменения далеко не всегда являются полезными приобретениями для природных популяций животных. S. М. Garcia-Marin et al. (1999) обнаружили, что после реинтродукции искусственно выведенной молоди лосося S. trutta через 2 года в природных популяциях этого вида на Пиренеях 10% рыбы имели генетические мод ификации.
Во-вторых, искусственно выращенные и выпущенные на волю животные могут оказаться конкурентами для животных диких популяций. Именно такой случай описывают I. Hilborn и Р. Eggers (2000) при попытках восстановить утраченное поголовье горбуши. Искусственно выведенная молодь горбуши (Oncorhynchus gorbusha) во многих водоемах Аляски вытеснила дикие популяции. Исследователи констатировали увеличение численности ихтиофауны природных биотопов за счет реинтродукции. Однако анализ показал, что произошло не восстановление природных популяций рыбы, а их замещение потомками рыб из инкубатора.
О. Price (2002) приводит следующую статистику. В популяциях лососевых рыб северной Атлантики от 25 до 40%, а в бассейне Балтийского моря более 90% поголовья составляет рыба, попавшая в море из разных питомников, занимающихся искусственным воспроизводством салмонид, т. е. здесь также имеет место вытеснение ихтиофауны естественных биотопов фактически реинтродуктами.
Если целью искусственного воспроизводства является восстановление численности природных популяций, возможно, имеет смысл выпускать на волю стерильных гибридов. В этом случае будет исключаться гибридизация животных из одомашненных и диких популяций. Есть опыт создания стерильных триплоидных гибридов полосатого и белого окуня (Marone saxatilis х Marone chrysops).
Другим приемом, позволяющим исключить расшатывание генетического пула животных в естественных популяциях, служит технология искусственного воспроизводства, в которой в каждой генерации используют родителей из диких популяций. При этом исключается инбридинг. Но здесь существует опасность усиления влияния одной пары родителей на всю популяцию. В природных биотопах до стадии половой зрелости доживает не более 1% потомков одной пары производителей. Поэтому в природе вероятность инбридинга невелика. При искусственном воспроизводстве выживаемость молоди рыб подходит к 100%. Искусственные условия сами по себе являются фактором потенциальной дестабилизации наследственной основы. Для снижения влияния искусственной среды практикуют ранневозрастную реинтродукцию животных. Так, рыбу выпускают на волю сразу после перехода молоди на активное питание. Конечно, при этом нельзя рассчитывать на высокую выживаемость молоди в природных условиях. По данным К. McNeil (1991), L. J. Hiborn и Р. D. Eggers (2000), не более 5% салмонид выживает в природных биотопах даже тогда, когда молодь подращивают в питомнике на протяжении целого года.
S. L. Weiss и А. М. Schmutz (1999) изучали рост, выживаемость и миграции форели S. trutta, выпущенной из инкубатора в ручьи. Через 12 месяцев в разных водоемах в живых осталось лишь 1-19% от поголовья выпущенной на волю молоди. Молодь из природной популяции на первом году жизни имела более высокую выживаемость — от 13 до 52%. При этом ученые не установили влияния искусственно инкубированной рыбы на размеры природных популяций и биомассу аборигенов.