Когда выявилась возможность детального исследования нуклеиновых кислот растений, а также по крайней мере некоторых важнейших белков, появилась надежда на то, что сравнительное исследование этих соединений позволит, наконец, дать объективные и совершенно независимые от представлений классической систематики признаки родства различных растений (признаки сходства их генотипов) и признаки, определяющие положение различных растений в рядах эволюционного преобразования их во времени (т. е. признаки и сходства, и различия в зависимости от положения тех или иных групп растений в общей филеме растительных существ).
Фундамент этих надежд был заложен достаточно давно, и еще на рубеже 30-40-х годов XX века Н. К. Кольцов, а вслед за ним и В. Л. Комаров выражали, каждый по — своему, эту надежду. В середине XX века начались интенсивные исследования молекул ДНК, а в начале 70-х годов появились и первые обобщения этих исследований в филогенетической трактовке их данных. Тогда же появился термин «геносистематика» (систематика генотипов) в противопоставлении ее «феносистематике» (приравниваемой ко всей классической систематике). В настоящее время это бурно развивающееся направление науки, число публикаций по разным группам растений, в которых излагаются результаты исследований преобразований тех или иных участков молекул ДНК и РНК в пределах выборок из той или иной группы разного объема (от родов до высших таксонов, и даже — растений в целом), уже превышает число публикаций, в которых обсуждаются системы тех или иных таксонов с позиций классической систематики. Более того, именно молекулярные биологи пытаются в своих работах самостоятельно сопоставлять свои результаты с анализом различных морфологических, эмбриологических и биохимических (на базе вторичных метаболитов) признаков, самостоятельно проводимым и методически, как кажется им, обработанным теми же способами, что и при обработке своих результатов. Напротив, со стороны «классических систематиков» попыток освоить достижения « геносистематиков» очень и очень мало. Конечно, в первую очередь, это связано с тем, что «классические систематики» практически не готовы к сколько-нибудь сложным экспериментальным работам, а методики, которые сами «геиосистематики» считают общедоступными, конечно же, сложные. Систематики, которые выучены в традициях классической систематики, к тому же научены уже и совокупным опытом расширения числа информативных признаков, поставляющихся им ранее другими частными ботаническими дисциплинами, который, как правило, приводил ко все более возрастающему уровню «информационного шума» в их построениях. Немаловажно и то, что склад ума у лиц, занимающихся классической систематикой, совершенно иной, чем склад ума ботаников-экспериментаторов, в какой бы частной ботанической дисциплине последние не работали.
Но главная причина «скепсиса» систематиков к достижениям молекулярных биологов лежит глубже (даже если они и не всегда могут точно сформулировать эту причину). Систематики отчетливо представляют, что при всех изощренных методических приемах исследований молекулярных биологов, они пока еще не имеют дела с объектами в целом, а лишь с отдельными признаками или группами признаков этих объектов, и еще отчетливей они понимают, что общей теории, объясняющей преобразования этих частей объектов — ни химической, ни физико-химической, ни какой-либо физической (энергетической, объемно-массовой или иной) — пока нет. Как нет такой надежной теории собственно и у так называемой «новой филогенетической систематики», или кладистики, методы которой они охотно используют, поскольку и там и тут речь идет об исследованиях отдельных признаков или их групп, но не об исследованиях объектов в целом. А у классической систематики такие объекты есть, их можно наблюдать в природе.
И тем не менее, «геносистематика» уже является самостоятельной дисциплиной, поставляющей огромное число пока еще не упорядоченных частных фактов, касающихся преобразований в генотипах растений, и большое число построений на базе также довольно сложных обработок представляют самостоятельный интерес как для самих «геносистематиков», в первую очередь, так и для систематиков классической школы. Для систематиков эти построения любопытны прежде всего в той их части, которая не совпадает собственно с созданием систем или филем, построенных на базе различных классических теорий. Это заставляет систематика задуматься как о том, чем же это могут обосновать свои построения молекулярные биологи (и пока убедиться в том, что попытки обоснования — явно неудачны), так и о том, почему представления, созданные на базе классических теорий, не должны в данном случае совпадать с построениями молекулярных биологов. Любые же совпадения построений, напротив, мало значат для систематика классической школы, более того, он даже не должен в этом случае считать, что это подтверждение и его точки зрения на эволюцию данной группы.
В настоящее время есть хорошее руководство по основам геносистематики высших растений, знакомящее ботаников и с историей становления этого направления науки, и с объектами геносистематических исследований (весьма обобщенно), а главное, — дающее обзор данных, полученных как отечественными, так и иностранными учеными в работах этого направления по различным признакам генотипа высших растений (и растений в целом) в группах разного объема. Несмотря на то, что обзор этих конкретных данных охватывает исследования, выполненные лишь в конце XX века, он особенно ценен тем, что эти данные тщательно отобраны высококвалифицированным специалистом — молекулярным биологом из множества разнородных имевшихся и специально комментируется им, в том числе и в отношении методической частоты исследований, и в отношении использования результатов, полученных при анализе преобразований отдельных генов, и при анализе комбинированных наборов разных генов.