Данного типа моря Малайского архипелага в морфологическом отношении разделяются на две части: западную, где преобладает шельф, и восточную — с глубокими морскими впадинами, сложно сочетающимися с прибрежными мелководьями.
Обзор взглядов на происхождение и историю развития Малайского архипелага содержится в работах Кюнена, Вейнинг-Мейнеса, Умбгрова.
Представления о тектонической природе архипелага и путях его геологического развития вытекают из выявленных здесь особенностей гравитационного поля — «поясов Мейнеса». Применив гипотезу Вейнинг-Мейнеса, Умбгров объяснил эволюцию островных дуг, и в частности дуг Малайского архипелага. Несостоятельность гипотезы Вейнинг-Мейнеса с геологической точки зрения разбиралась В. В. Белоусовым, с геофизической точки зрения — Е. Н. Люстихом.
В Малайском архипелаге различают следующие структурные элементы:
- область мезозойской складчатости в западной части архипелага с характерным для нее широким шельфом; затопленные эрозионные долины на нем свидетельствуют о недавнем погружении былой суши;
- область кайнозойской складчатости, преобладающую на юге и востоке архипелага.
Е. Н. Люстих различает ряд морфотектонических элементов. Суматра-Яванский пояс опусканий, занимающий восточную часть Суматры и северную часть Явы, — прогиб третичного возраста, продолжающийся на востоке в виде морских впадин Флорес и Банду. Внутренний Зондский пояс поднятий, проходящий по юго-западной части Суматры и южной Яве; в него входят острова и мелководья от Явы к о. Ветар; у восточной части о. Флорес от него ответвляется Целебесский пояс поднятий, для которого характерны современные действующие вулканы. Южнее располагается средний Зондский пояс опусканий, охватывающий бассейн Ментавай, море Саву и впадину Вебера. Возможно, что он соединяется с впадинами моря Банду. Далее простирается внешний Зондский пояс поднятий. Он проходит по островам юго-западнее Суматры и по подводному хребту к югу от Явы через острова Тимор, Тенимбер, Кей, Церам, Буру, огибая впадину Вебера. Внешним по отношению к другим поясам является Индо-Австралийский пояс опусканий. В него входят Яванский абиссальный желоб, Тиморская впадина, Церамское море. Далее он продолжается в море Банду.
В северной части архипелага пояса поднятий образуют горные хребты. К югу высоты их снижаются и пояса поднятий выражены уже низкими островами, а еще южнее — подводными хребтами. Из сказанного видно, что весь пояс кайнозойских структур опускается в сторону Индийского океана.
В восточной части архипелага соотношение поднятий и погружений иное. Пояса поднятий здесь имеют вид сложно изгибающихся дуг, окаймляющих отдельные морские впадины. Здесь расположен Макассарский прогиб, проходящий вдоль пролива того же названия; на западе его продолжает третичный прогиб Борнео с амплитудой погружения в 15 км. От восточной части о. Флорес через о. Целебес простирается Целебесский пояс поднятий, продолжающийся на о. Сангир и далее к Филиппинским островам. От южной части моря Банду через бассейн Горонтало прослеживается средний Целебесский пояс опусканий, продолжающийся во впадине Сангир и заливе Даву. Внешний и внутренние пояса Зондских островов связывает внешний Целебесский пояс поднятий. Он проходит через острова Сулу и соединятся с Новой Гвинеей, а через Талаудские острова с Филиппинскими островами.
В восточной части Молуккского моря простирается Восточно-Молуккский пояс опусканий. На севере он соединяется с впадиной Минданао и продолжается через пролив Манипа. Из сказанного видно, что в Малайском архипелаге глубокие морские бассейны окаймляются поясами поднятий и опускапий.
Классификацию морских бассейнов Малайского архипелага предложил Кюнен. По его классификации, бассейны первой группы представляют собой плоскодонные впадины, образованные опусканием или сбросовым погружением былой суши. Склоны их образованы флексурами или ступенчатыми сбросами. К этому типу отнесены наиболее значительные по площади и в то же время наиболее глубокие морские бассейны архипелага. Бассейны второй группы отличаются вытянутой, желобообразной формой. Образование их объясняется сбросовыми на рушениями. Третью группу составляют бассейны с крутыми склонами, ровным дном и большими глубинами — более 3000 м (до 7500 м). Тектоническая природа бассейнов этой группы не определена. Они сходны с грабенами, но сложная конфигурация их может указывать и на складчатые деформации. Происхождение их лучше всего связывать с растяжением земной коры, сопровождавшимся глубоким ее прогибом, в результате чего образуются абиссальные желоба. В четвертую группу бассейнов входят абиссальные желоба, расположившиеся по внешней стороне островных дуг архипелага. По мнению Кюнена, эти желоба протягиваются почти непрерывным рядом вдоль хребта западной Суматры и к югу от Явы, вдоль внешней дуги Банду, Хальмагейра и Филиппин. Второй ряд идет вдоль западной стороны Молуккского прохода. Отмечается, что такие желоба являются геосинклинальными впадинами, образовавшимися на месте былой суши.
Геологической истории архипелага свойственны господство наземных условий в западной части и смена морских условий наземными в восточной части в течение первой половины третичного периода. В плиоцене развивалась складчатость, за которой последовали поднятие островов и пенепленизация их складчатых структур. С конца плиоцена и в четвертичном периоде образовывались разрывные дислокации, острова расчленились на отдельные глыбы, поднимавшиеся неравномерно. Судя по высоте террас и поднятым коралловым рифам, поднятия достигали 1200 м. По мнению Умбгрова, эти острова представляют собой не что иное, как обломки прежнего, гораздо более обширного шельфа или частично, может быть, суши. Он же отмечает недавность образования морских впадин в их современном виде. Кюнен указывает что сходство пресноводной фауны в водоемах западного и восточного побережий о. Борнео может быть объяснено былым существованием речных систем, по которым расселялась единая пресноводная фауна; ныне долины этих рек стали подводными. Подобно другим типам геосинклинальных морей моря архипелагов несут ясные следы неотектонического развития, продолжающегося и в современную эпоху.