Граниты отличаются наибольшей водоносностью и наименьшей минерализованностью грунтовых вод.
На склонах гранитных и у их подножия в местах выхода трещенных вод встречаются родники, питающие вместе с атмосферными осадками многочисленные ручьи. Некоторые ручьи (Иманайский в Боровском массиве) впадают в озера; другие уходят в глубокие слои рыхлых отложений. Кроме того, на склонах гор имеется много временных водотоков, активных только во влажные периоды, но пересыхающих в сухие периоды лета.
В большинстве гранитных массивов или на их окраине имеются пресноводные озера: в Имантавском — оз. Имантау, в Зерендинском — оз. Зерендинское, в Баянаульском — озера Джасы-бай, Торайгыр, Сабандыкуль, в Каркаралинском — оз. Пашенное.
Особенно развита сеть связанных друг с другом озер в Боровском массиве. Здесь расположены пресноводные озера Щучье (длина 7,1 км, глубина 31, по другим данным —до 70 м), Боровое (длина 4,5 км, глубина 7 м), Большое Чебачье (длина 8.7 км, глубина 24,5 м), Малое Чебачье (длина 10,6 км, глубина 21,7 м) и несколько более мелких озер (Большое и Малое Карасье, Светлое, Лебединое, Зеркальное, Лебяжье и др.).
Разветвленная сеть проток, речек и ручьев соединяет озера Боровского массива в единую гидрографическую систему. Разработанность русел речек и ручьев, а также наличие озерных террас свидетельствуют о том, что уровень обводненности в прошлом был выше, чем теперь, и связь между озерами осуществлялась интенсивно в течение всего теплого периода года. Однако в настоящее время уровень озер понизился, гидрографическая сеть одряхлела, а ручьи и речки пересыхают в сухие периоды лета и осенью, и связь между озерами осуществляется преимущественно подрусловым питанием (Лаптев, 1940).
Одна из таких одряхлевших речных систем берет началр в оз. Котыркуль, откуда сток осуществляется через Сары-Булак в оз. Боровое, затем через протоку (р. Громовая, или Громатуха, где в прошлом стояли водяные мельницы) в оз. Большое Чебачье и далее через ряд проток и озер в оз. Кара-Тамар.
Другая одряхлевшая гидрографическая система связывает оз. Щучье протокой (р. Колчакты) с оз. Копа и далее другой протокой (р. Кильчакты) с оз. Чаглы. Долина р. Колчакты в ее истоках хорошо разработана, здесь 40 лет назад ловили рыбу и купались дети; теперь в связи со значительным падением уровня воды в оз. Щучье она пересохла.
В конце прошлого столетия, в 90-е годы, некогда единое оз. Чебачье в связи с падением уровня распалось на три озера: Большое Чебачье, Малое Чебачье и Майбалык. На берегах оз. Малое Чебачье в местах выхода кварцитов заметны следы озерной абразии, указывающие на то, что его уровень в прошлом был не менее чем на 3 м выше, чем теперь.
Серия террас и береговых валов на восточном берегу оз. Щучьего свидетельствует о том, что уровень его в прошлом был не менее чем на 5 м выше современного. Полуостров, расположенный также на восточном берегу оз. Щучьего, прежде (лет 35—40 назад) был отделен от берега водной перемычкой.