Вопрос о происхождении грибов до сих пор окончательно не решен.
Предполагают, что грибы возникли несколькими самостоятельными эволюционными линиями. К настоящему времени известно несколько гипотез происхождения грибов.
1. Происхождение от каких-то бесхлорофилльных амебообразных или жгутиконосных эукариот — зоофлагеллят. В результате приспособления к наземному образу жизни жгутики у многих видов были утрачены.
2. Предками некоторых отделов грибов являются водоросли (цианобактерии, бурые, красные и др.). Возможно, сумчатые грибы (а от них — базидиальные) произошли от безжгутиковых красных водорослей из класса Florideophyceae. У красных водорослей есть общие черты с сумчатыми грибами: строение пор — септ (перегородок между клетками), в оболочках некоторых водорослей обнаружен хитин, имеются сходные по химическому составу метаболиты. У багрянок во время митоза, как и у грибов, сохраняется ядерная оболочка (закрытый митоз). Достаточно много общего у красных водорослей и цианобактерий (прокариоты), в частности состав пигментов и некоторых других соединений. Поэтому согласно другой гипотезе (парафлоридейная гипотеза) сумчатые грибы и багрянки произошли от общего предка, но затем развивались независимо друг от друга.
Оомикота является самостоятельной эволюционной линией, берущей начало от форм, близких к золотистым или желто-зеленым водорослям.
3. Происхождение от прокариотного организма, близкого к Eubacteria. Фотосинтезирующая бактериальная клетка в результате совершенствования структур дала начало простейшей эукариотной клетке. Эволюция шла через промежуточный дрожжеподобный организм протомицес (Protomyces), давший начало развитию грибной клетки. Доказательством тому является примитивное строение клеток аскомицетных дрожжей: в них отсутствует аппарат Гольджи, а также пульсирующие вакуоли и жгутики. Митохондрии примитивные, геном минимальный (сравним лишь с геномом цианобактерий), химический состав клеточных стенок близок к прокариотам. Эта гипотеза подтверждается современными данными об ультраструктурном строении клеток прокариот и эукариот.
4. На основании изучения последовательностей малых субъединиц рибосомальной РНК в 1993 г. было высказано предположение о том, что предком животных и грибов был единый прокариотный жгутиковый организм. Принимая во внимание биохимические критерии, следует считать, что им являлись не пурпурные бактерии, а актиномицеты.