В 1888 г., т. е. одновременно с трудами Коржинского и Краснова, в «Трудах Казанского общества естествоиспытателей» появилась небольшая работа молодого ботаника А. Я. Гордягина (1865—1932).
В этой работе, которая надолго осталась незамеченной геоботаниками, Гордягин доказывал важность изучения влияния человека на естественную растительность, указывал на многие растительные сообщества, считавшиеся вполне естественными, в действительности же возникшие под различными воздействиями человека. Он подчеркивал важность изучения антропогенных смен. Но эта работа была лишь началом большого и трудного научного пути. В 1895—1899 гг. он на лошадях проехал по Западной Сибири более 7000 км, собрав огромный фактический материал. На основе этого он в 1900 г. издал большую работу «Материалы для познания почв и растительности Западной Сибири», которую защищал в качестве магистерской диссертации, но был удостоен степени доктора наук. В этом труде Гордягин анализирует растительность по ассоциациям и формациям, приводит дифференцированные списки выделенных единиц (применяет шкалу Друде), выясняет вторичную природу многих формаций, описывает некоторые закономерности взаимосвязей между почвами и растительными сообществами, указывает на большое влияние пожаров на формирование многих формаций и т. д.
После публикации «Материалов» Гордягин занимается многими другими вопросами (зимняя транспирация деревьев, биометрия и пр.), его следующая крупная геоботаническая работа появляется лишь в 1922 г., уже в Советской России. Этим трудом была «Растительность Татарской республики» (Гордягин, 1922). Здесь он дает сжатый и полный обзор теоретических проблем геоботаники, высказывая некоторые оригинальные суждения. Из них наиболее важна трактовка доминантов. Одним из первых Гордягин указал на средо — и структурообразующую роль доминантов в растительных сообществах.
В 1933 г., через год после смерти А. Я. Гордягина, была опубликована его очень интересная работа (Гордягин и др., 1933), в которой подвергается тщательному анализу большой фитоценологический материал из Чувашской АССР. Гордягин и его сотрудники работали в основном с площадками по Раункиеру в 10 дм2. Собранный материал обрабатывался статистически и был использован для установления минимальной площади растительных сообществ и их доминантов.
Гордягин не присоединился к фитосоциологическому направлению (хотя и в его работах применены некоторые соответствующие термины). Более того, он критиковал в своих лекциях в Казанском университете это направление за оторванность от жизни.