Область представляет в целом обширное нагорье. Южная и юго-восточная его части находятся в зоне степей и у границ пустынь Центральной Азии — в условиях континентального климата.
Северная граница ее северо-западной части вплотную прилегает прямолинейным сбросовым уступом (высотой 300—500 м) к обширным равнинам Западной Сибири, эта территория получает много осадков. Большую часть территории области занимают леса.
В межгорных понижениях раскинулись степи, для которых характерны медленно текущие извивающиеся, местами заболоченные речки.
В депрессии Канской степи, которая в период таяния четвертичных алтайских ледников была занята озерным бассейном, с усыханием Канского озера образовались торфяные месторождения Канское и Ябоганское. Заболоченные участки встречаются в верховьях отдельных рек (например, р. Саузар) с радиальной сетью стоков. В прошлом здесь находились, по-видимому, озерные бассейны.
В долинах рек мерзлота грунта, в отдельных местах сохраняющаяся в течение круглого года, а также высокий уровень грунтовых вод вызывают заболачивание и формирование почв болотного типа.
Развитие болотообразовательного процесса наблюдается в пониженных участках речных долин в условиях избыточного увлажнения и в межгорных котловинах на болотно-глеевых и лугово-болотных почвах.
На торфяно-болотных и иловато-болотных почвах в долинах рек и на плоских водоразделах Алтайского края Е. И. Лапшиной выделены камышово-осоковые кочковатые, вейниково-осоковые и пушицево-осоковые высокогорные болота. По данным А. В. Куминовой, в водораздельных котловинах междуречья Карлык — Агуй встречаются небольшие обильно увлажненные осоковые болота с Carex caespitosa, С. rhynchophysa, Filipendula ulmaria в растительном покрове.
Для северо-восточной части Алтая Е. В. Никитина выделяет четыре типа болот: заболоченные моховые тундры, болота у выходов грунтовых вод, озерного происхождения и бугристые болота.
В. И. Баранов и М. А. Смирнов для северо-западной части Алтайской области указывают небольшие болота на гранитных склонах с торфяной залежью мощностью 1,5 м, сложенной в основании осоково-гипновым торфом, сменяющимся выше сфагновым переходным торфом с участием в растительном покрове Sph. magellanicum и Sph. warnstorfii.