Хозяйственно-важной является еще одна сторона деятельности грибов в лесу — способность вызывать грибные заболевания деревьев.
Болезни и повреждения древесных и кустарниковых пород в лесу могут быть вызваны помимо грибов другими причинами, в связи с чем болезни принято распределять на две основные категории.
Инфекционные болезни лесных пород возникают в результате воздействия так называемых биотических факторов — животных и растительных организмов. Неинфекционные болезни вызываются действием абиотических факторов — это неблагоприятные условия внешней среды, в том числе нарушение режима питания, перепады температуры и влажности, загрязнение воздуха.
Очень часто болезни вызываются комплексом факторов. Инфекционные болезни древесных и кустарниковых пород чаще вызываются фитопатогенными грибами, нежели бактериями и вирусами. Внешние признаки болезни проявляются в замедлении роста, ухудшении общего состояния дерева, пожелтении, побурении и преждевременном опадании листьев или хвои, отмирании и усыхании крои.
Следует подчеркнуть, что очень часто за физиологическим ослаблением дерева под воздействием абиотических факторов следует заражение его патогенными грибами.
У каждого вида древесно-кустарниковых растений имеются свои грибные паразиты. Один грибы приспособились к поражению наземных частей — листьев, хвои, плодов, ветвей, побегов и стволов, другие развиваются на корневой системе. Целый ряд грибов поражает несколько растений-хозяев. Возраст дерева или кустарника также влияет на появление тех или иных грибных заболеваний. Для сеянцев древесных пород опасны виды грибов, которые оказываются мало или совсем безвредными для взрослых деревьев и кустарников. Так, для всходов лесных пород на питомниках опасны полегание, инфекционное увядание, для молодняков и лесных культур — болезни шютте, ржавчина, мучнистая роса.
Грибы, вызывающие гнили корней и стволов, а также раковые заболевания, опасны в основном для взрослых насаждений.
Заболевания корней значительно ухудшают возможность доступа воды и минеральных веществ в крону. Дерево поэтому сильно отстает в росте, при значительном повреждении корней засыхает либо валится ветром.
Гнили, в зависимости от расположения в стволе, подразделяют на центральные (сердцевинные), периферические и смешанные.
Периферические гнили более опасны для жизни дерева. На ранних стадиях развития заболевания, когда гриб повреждает камбий, дерево отстает в росте, при распространении гнили по всей окружности ствола — засыхает.
При развитии гнили в центральной части ствола грибом разрушается древесина уже не функционирующая, однако имеющая значительную хозяйственную ценность. При сильном развитии такой гнили в стволе дерево обычно ломается ветром. Заражение растущих деревьев грибами, вызывающими гниль древесины, происходит в основном через поранения (затески на стволах, обломанные сучья, обдиры и трещины коры, сухобочины), повреждения, нанесенные насекомыми, трещины от мороза и ожоги стволов. Повреждения подобного рода, называемые механическими, служат проходами для инфекции — спор гриба либо его грибницы (в случае повреждения корневых систем).
У пораженной древесины вначале изменяется окраска. Древесина становится более темной, краснеет либо буреет. Далее, на конечных этапах гниения, она полностью теряет механическую прочность. Различные виды грибов характеризуются неодинаковой избирательной способностью по отношению к элементам клеток древесины, и в связи с этим процесс гниения древесины протекает по-разному. Различают два основных типа гниения — коррозионный и деструктивный. Некоторые дереворазрушающие грибы вызывают гниение переходного типа — коррозионно-деструктивное.
Лигнинразрушающие грибы вызывают коррозионную, или белую, гниль древесины. Эти грибы способны разрушать как лигнин, так и клетчатку, однако этот процесс происходит поэтапно и в процессе гниения клетки древесины разрушаются неравномерно. Местами группы клеток разрушаются полностью, на таких участках образуются пустоты с белыми рыхлыми остатками целлюлозы. На последней стадии гниения древесина может распадаться на волокна.
Грибы, способные использовать только целлюлозу и не способные расщеплять лигнин, вызывают бурую или деструктивную гниль. Гнилая древесина, высыхая, растрескивается и распадается на куски в виде кубиков и призм. В последней стадии гниения древесина становится трухлявой и легко растирается пальцами в порошок.
В лесной фитопатологии существует термин «фаутность», означающий наличие в лесу деревьев с пороками и болезнями. Как правило, сибирские леса в той или иной степени фаутны.