Грибы, как и другие микроорганизмы, являются постоянными обитателями прикорневой зоны, где между ними и корнями растений складываются особые отношения. Прикорневую зону растений называют еще ризосферой. Ризосфера значительно отличается по своим показателям от остальной почвы. Почвенные частицы здесь более оструктурены. В связи с этим облегчается движение корней в процессе роста, а также передвижение микроорганизмов, лучше сохраняется влага, поддерживается ровная температура. Более высокая влажность почвы в зоне ризосферы связана не только с изменением структуры почвы, но и со способностью корневых систем активно влиять на содержание влаги. Ризосфера богата питанием. Это обусловлено выделениями корней, содержащих сахара, аминокислоты, витамины, фосфатиды, различные ароматические вещества. В этой зоне создается также повышенная концентрация продуктов жизнедеятельности микроорганизмов и грибов.
В ризосфере более энергично протекают многие химические и биохимические процессы. Например, быстрее разрушаются различные минералы, горные породы — известняк, мрамор и др. Процесс этот вызывается не только выделениями корней высших растений, но и продуктами жизнедеятельности грибов и бактерий. Под влиянием микрофлоры в ризосфере создаются условия для более высокой растворимости железа и марганца. Железо и марганец в ризосфере находятся в соединениях с органическими веществами — аминокислотами, органическими кислотами и другими, образующими прочные комплексы — хелаты, сохраняющиеся в почве длительное время. Благодаря присутствию органических веществ, выделяемых также и грибами, органо-металлические комплексы в ризосфере содержатся в большом количестве и более долговечны. Растения хорошо усваивают железо и марганец таких комплексов. Таким образом, вокруг корней формируется особая зона с благоприятными условиями не только для микроорганизмов, но и для самих растений. Установлено, что состав грибного сообщества ризосферы может регулироваться действием физиологически активных веществ, выделяемых корнями растений. Насколько тонка такая регуляция, показывает способность растений стимулировать рост микробов, являющихся антагонистами фитопатогенных грибов. Эти опасные для растений грибы угнетаются уже не корневыми выделениями растений, а микробами-антагонистами.
Микроорганизмы ризосферы в свою очередь могут оказывать влияние на растение через корневую систему. Некоторые из них снабжают растения витаминами, ростовыми веществами и антибиотиками. Ряд грибов, опасных для растений, использует их корневые выделения, как сигнал к действию. Многие из таких грибов находятся в почве в покоящемся состоянии и прорастают только тогда, когда стимулируются выделениями корней. Примером может служить грибок Питиум. Корневые выделения растений привлекают подвижные зооспоры этого гриба, обладающие хемотаксисом.
Таким образом, мы видим, что многие грибы прикорневой зоны растений находятся в тесной связи и в сложном взаимодействии с высшими растениями.