Широко распространены в почвах также микроскопические грибы, составляющие 1—3% от объема микрофлоры.
При развитии в почве грибы образуют мицелий и накапливают большое количество биомассы, что имеет важное значение для плодородия почвы. Грибы устойчивы к кислой реакции и являются основными обитателями кислых почв.
Микроскопические грибы — многочисленная и разнообразная группа микроорганизмов. Наибольшее значение среди них имеют плесневые грибы, которые по сравнению с бактериями и актиномицетами считаются более высокоорганизованными. Плесневые грибы распространены особенно широко в верхнем и пахотном слоях, где их насчитывают до сотни тысяч на 1 г почвы.
В почве микроскопические грибы играют важную роль, поскольку их ферментативный аппарат обладает высокой активностью, способен очень быстро осуществлять окисление и разложение углеводов, жиров, белков и принимает участие в биохимических трансформациях различных органических веществ в почве.